发布时间：2015-11-26 20:41:33

#!/usr/bin/perl $example = <<e>A|c21852_g1f1XXXXXX>B|10011958mXXXXXX>C|311240XXXXXX>D|AT1G01880XXXXXX............E;open IN,"<FILE";<file";<rr.faa.muscle";open OUT,">result";while (){chomp;if(/^>/){ $key =$_;}else{$hash{$key}.=$_}}foreach $line(keys %hash){ chomp$line;  .........【阅读全文】

发布时间：2015-11-26 20:39:03

#!/usr/bin/perl #open IN,'<','FILE';open OUT,">Result";while (<IN>){chomp;@arr = split(/\s+/,$_);$title = shift @arr;$num = pop @arr;$other = join("\t",@arr);     if($hash{$title}){        if ($num > $hash{$title}){    &nbs.........【阅读全文】

发布时间：2015-04-21 08:16:00

#!/usr/bin/perl -w use strict;#use Perl::Tidy;#use Getopt::Long;my ($head,%h,$key,$len,@len_arr,$total,$num,$sub_count,$first);print "input your sequence file name,then press Enter!\n";$first=<STDIN>;open IN,"<$first";while (<IN>){ chomp; if(/^>/){ $head=$_;}else{$h{$head}.=$_}}#  .........【阅读全文】

发布时间：2015-04-10 13:34:04

#####################安装 using the mysql yum repository #########yum list | grep mysql   rpm -qa|grep mysql 检查是否安装过yum install libaio### 这个下载时需要注册一下 Goto “Download MySQL Yum Repository” to download the release package forLinux 7 “mysql-community-.........【阅读全文】

发布时间：2015-04-01 11:01:42

##########################   bioperlinstall    ##############################win7 bioperl安装用cpan安装1）通过PPM安装MinGW（环境需要），输入cmd进入DOS界面，ppm installMinGW（ppm install MinGW64默认32位），事先需要安装activeperl或者strabberyperl。注意：需要考.........【阅读全文】

发布时间：2015-03-20 10:59:20

#!/usr/bin/perl -wuse strict;##############################使用方法：windows的dos界面或者linux下：perl file_name###########################my ($input_file,$head,$line,$width,%seq);print "输入文件名称，并按Enter\n";$input_file=<STDIN>;  chomp$input_file;open IN,"<$input_file";open OUT.........【阅读全文】

发布时间：2015-01-04 15:23:59

##用到的函数opendir DIRHANDLE, EXPR  # To open a directoryreaddir DIRHANDLE        # To read a directoryrewinddir DIRHANDLE      # Positioning pointer to the beginingtelldir DIRHANDLE      &.........【阅读全文】

发布时间：2014-12-31 13:19:34

RGB颜色对照表#FFFFFF#FFFFF0#FFFFE0#FFFF00#FFFAFA#FFFAF0#FFFACD#FFF8DC.........【阅读全文】

发布时间：2014-12-19 15:09:01

example <-read.table("1.txt")Warning message: In read.table("1.txt", header = F) : incomplete final line found by readTableHeader on '1.txt'上面是我的错误提示，咋回事呢，答案非常简单！打开1.txt文件，到文件最后一行，按Enter，让光标进入下一行，保存即可。Goto to the end of the last line of t.........【阅读全文】

发布时间：2014-12-17 10:35:24

前几天去南京参加两年一度的全国大会CCBSB2014，今年是第六届，见到许多熟识的前辈和老朋友，也结识了不少新朋友。相比于两年前在哈尔滨开的第五届大会，参会人数又多了100多。连大会特邀报告算上，总共76位学者做口头报告，其中30位学者我之前并不认识，这个比例正好是40%。领域里的大会小会，无论何时、何地，总有约40~.........【阅读全文】

发布时间：2014-12-12 13:09:32

find  /home/.. -name char* -o -name two*  ##在home下查找char开头的文件或者以two开头的文件find  /home/.. -name *.txt -ftype vfat    ##文件类型vfatfind  /home/.. -mtime -days_num    ##最近days_num改动过的文件find  /home/.. -mmin +50  .........【阅读全文】

发布时间：2014-12-05 10:54:03

####简单开始，此处已生物领域的动植物染色体为例##核心文件：   karyotype   = xx/xx.data     .........【阅读全文】

发布时间：2014-12-03 13:52:13

D:\>cpanIt looks like you don't have a C compiler and make utility installed. Trying to install dmake and the MinGW64 gcc compiler using the Perl Package Manageer.如果用ppm install Modulenames 也出错，中断，如何解决呢？这时我是找到circos基于的perl的文件夹里lib，放模块的地方，里面全是文件夹，然后.........【阅读全文】

发布时间：2014-11-23 17:22:22

地址：www.circos.ca核心文件：circos-x.tgz权限修改：chmod 777 file下载circos核心文件解压：tar -zxvf circos-.tgz基于perl的circos需要相关模块的安装： 首先，检查模块：cd circos-x.tgz -> cd bin -> ./test.modules  &  ./list.modules  ##注意，涉及权限的问题时，如果测试文件  &nb.........【阅读全文】

发布时间：2014-11-07 10:21:31

GFF格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的哪里到哪里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的基因预测，许多软件都支持输入或者输出GFF格式。目前格式定义的最新版本是版本3。GFF格式举例如下： 文件格式说明见下表：.........【阅读全文】