摸清circos的脾气，画图也就容易许多了！

####简单开始，此处已生物领域的动植物染色体为例
##核心文件：

<>

<>

<> 

<>

 

karyotype   = xx/xx.data                                 ###karyotype翻译为染色体组型

 

chromosomes_units           = 1000000                  ##units单位设置为万量级

chromosomes_display_default = no          

chromosomes                 = Gm01；Gm02

chromosomes_breaks      = -Gm01:120-130

<>
###上面是运行perl  bin/circos -conf   xxx/xxx.conf 命令时调用的circos，它所包含的configuration文件（基本的）。
下面我们介绍每一部分及其在整个图形中发挥的作用或者说扮演的角色。。。
<>  这里的include可以理解为调用，函数，包含之类的东西
这一块是基本的，大多都给有这个，颜色，字体，模式支持，类似于库让你使用

<> ideogram去词典去查翻译也很不明确，它这个文件一般又包含三个下游conf文件：
ideogram.position.conf  有染色体围成的圈的半径（radius），还有那个圈的厚度（thickness），还有圈条是否填充，什么颜色，  圈条的厚度，颜色
ideogram.label.conf 这个文件显示圈条上面标签，字体，颜色，大小，是否平行于染色体，位于上面还是下面
bands.conf这个文件就是说，落在染色体圈条上的band是否显示，颜色，透明度，指向圆心的线条

<> 这个文件很重要，染色体上的刻度范围，多种标签的颜色，“ kg”，%d数字后面加个你想要的单位，就在用  ... 这种去定义
<> 这个文件就画面的颜色，默认即可，背景底色，前面后面要加..，为啥其他有些不用加，后续得讨论单括号和双括号。
中间部分调用数据，用karyotype，这个可以翻译为染色体组型，可以看成后面路径的数据赋值，接着是你想显示哪些染色体，默认全部，还是chromosomes 后面跟染色体号，用分号隔开，结尾不用任何符号，对于chromosomes_units 我看有设为10万，100万，具体你看着办吧，也可以定义你想展示的某个染色体的一部分，用法是chromosomes_breaks   =   -chr01；5x - 5y （x，y为整数，就是范围得是5的倍数，我也不确定，先这么写吧），记得前面有个“-”。

好，快结束了，最后<>，这个是系统文件，这个单词让我想起了持家基因，呵呵，这个文件是必须有的，它就是帮你限定和说明一些东西，你无须费神！