发布时间：2014-09-28 16:49:01

#!/usr/bin/perl -w#use strict;open OUT,">mac";print "please input your file name(match target),then press Enter.\n";while (){    chomp;          if (/>/){ $key=$_;       my       @m.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 15:55:44

建库：makeblastdb -in my.fasta -dbtype nucl -title db -out db比对：blast* -query db -db db -out db -outfmt {1..10}......【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 15:51:04

#!/usr/bin/perl -w$|=1;print "input your genome sequence,then press Enter!\n";my $seq=<STDIN>;open FASTA,"$seq" or die "can not open FASTA file,$!";print "input your gff file name,then press Enter!\n";my $gff=<STDIN>;open GFF,"$gff" or die "can not open GFF file,$!";open OUT,">gene_sequence".........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 15:45:58

文件说明：数据如下，我想提取第三列含gene的行的特定##gff-version 3Chr1    phytozome9_0    gene    3631    5899    .    +    .    ID=AT1G01010;Name=AT1G01010Chr1    .........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 14:43:46

#!/usr/bin/perl -w  #使用方法：perl transfer.pl file.gb ##文件的格式有三种$inputfile="<id.gb";$format1="genbank";$outputfile=">id.fasta";$format2="fasta";use Bio::SeqIO;         $in = Bio::SeqIO->new(-file => "$inputfile" ,    .........【阅读全文】

发布时间：2014-09-27 21:42:21

问题描述：比如我的数据（如下），我现在想提取表头里第二列数字小于99的序列，以下perl代码可以完成这个工作。>example 100 other tail  1   NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN >example 99 other tail  2   NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.........【阅读全文】