tophat实用的工具_jhh130910-ChinaUnix博客

jhh130910_生物信息

首页　| 　博文目录　| 　关于我

jhh130910

博客访问： 83734
博文数量： 36
博客积分： 0
博客等级：民兵
技术积分： 0
用户组：普通用户
注册时间： 2016-07-28 10:06

个人简介

安徽屯溪，哈尔滨的雪地，扬州的瘦西湖，想必知道我是谁了吧！！对，小金思密达

文章分类

全部博文（36）

Circos（3）
其他（4）
生物学相关（3）
物种测序（0）
Linux系统（2）
Sed|awk|shell（1）
R制图（3）
生信软件的使用（4）
Perl（16）
未分配的博文（0）

文章存档

2015年（7）

2014年（29）

我的朋友

最近访客

推荐博文

tophat实用的工具

发布时间：2014-10-04 18:28:32

说明：tophat是基于bowtie的fix_map_ordering: fix_map_ordering [--sam-header ] []prep_reads: prep_reads [--filter-multi ] [,..] [ [......【阅读全文】

阅读(1953) | 评论(0) | 转发(0)

circos指引

发布时间：2014-10-01 10:32:51

地址：http://circos.ca/software/download/核心文件：circos-x. tgz，还有tools，tutorials，course解压：tar –zxvf circos-x.tgz 权限：chmod 777 file | chmod +x file例子：windows：perl bin\circos –conf example\etc\circos.conf Linux ：perl bin/cir.........【阅读全文】

阅读(605) | 评论(0) | 转发(0)

用samtools工具把SAM格式文件转为BAM

发布时间：2014-09-28 16:51:47

#!/usr/bin/perl -wuse strict;system ("../samtools view -b -S 1a.sam >1a.bam");system ("../samtools view -b -S 1b.sam >1b.bam");system ("../samtools view -b -S 1c.sam >1c.bam");system ("../samtools view -b -S 1d.sam >1d.bam");system ("../samtools view -b -S 2a.sam >2a.bam");system ("../samtool.........【阅读全文】

阅读(1505) | 评论(0) | 转发(0)

blast-序列比对

发布时间：2014-09-28 15:55:44

建库：makeblastdb -in my.fasta -dbtype nucl -title db -out db比对：blast* -query db -db db -out db -outfmt {1..10}......【阅读全文】

阅读(749) | 评论(0) | 转发(0)

给主人留下些什么吧！~~

留言热议

请登录后留言。

登录注册

感谢所有关心和支持过ChinaUnix的朋友们

16024965号-6