发布时间：2014-11-06 15:29:35

......【阅读全文】

发布时间：2014-11-06 15:26:42

安装ggplot2遇到的问题：> library(ggplot2)Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :   object 'vI' not foundError: ‘ggplot2’程辑包或名字空间载入失败解决的方案：我用的Rstudio，选择session，set working directory，我选择了D:\R\R-3.1.2，install.packages.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-22 15:52:44

#!/usr/bin/perl -wprint"input your file,then press Enter!\n";my $file=<STDIN>;open FILE,"$file";open OUT,">result";  while (<FILE>){      chomp;      if(/>/){          $head=$_;      }else{$.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-22 10:11:49

#!/usr/bin/perl -wprint"input seq_1,press Enter!\n";$seq_1=<STDIN>;open ONE,"$seq_1";print"input seq_2,press Enter!\n";$seq_2=<STDIN>;open TWO,"$seq_2";   while (<ONE>){       chomp;       if (/>/){      &nbs.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-19 11:15:14

如果统计fastq序列的GC含量只需稍微改变一下即可！......【阅读全文】

发布时间：2014-10-14 12:43:17

windows：Copy *.txt  result.txt   ###首字母大写Linux： cat  *.txt  >result.txt    ### >输出符合带上......【阅读全文】

发布时间：2014-10-06 17:27:04

seq_microRNA = fasta read (' mir156.fa');n = length (seq_mircroRAN);   k = 1;for i = 1:n;k=k + 1;[A,B,D] = rnafold (seq_mirna (i), sequence);L = length (seq_mirna(i), sequence);AMFE = B/L;C = dimercount (seq_mirrna(i), sequence);GC = C.GC/(L-1);MFEI(i) = AMFE/GC;end......【阅读全文】

发布时间：2014-10-04 21:01:05

A FASTQ file normally uses four lines per sequence.Line 1 begins with a '@' character and is followed by a sequence identifier and an optional description (like a FASTA title line).Line 2 is the raw sequence letters.Line 3 begins with a '+' character and is optionally followed.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-04 18:28:32

说明：tophat是基于bowtie的fix_map_ordering: fix_map_ordering [--sam-header ] []prep_reads: prep_reads [--filter-multi ] [,..] [ [......【阅读全文】

发布时间：2014-10-02 16:22:38

awk运行效率高，代码简单，对格式化的文本处理能力超强。grep|sed|awk|bash|shell|python例子数据：0.0001 10   1#.00 10   ..10.0  11awk 'BEGIN{total = 0;len = 0} {if($1~/^[0-9]+\.[0-9]*/){total += $1; len++}}END{print total/len}' aawk的语法：awk [-F re] [para.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-01 10:32:51

地址：http://circos.ca/software/download/核心文件：circos-x. tgz，还有tools，tutorials，course解压：tar –zxvf circos-x.tgz  权限：chmod 777 file | chmod +x file例子：windows：perl bin\circos –conf example\etc\circos.conf      Linux ：perl bin/cir.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-30 08:38:19

系谱分析（pedigree analysis）是了解遗传病的一个常用的方法。先对某家族各成员出现的某种遗传病的情况进行详细的调查，再以特定的符号和格式绘制成反映家族各成员相互关系和发生情况的图解，然后根据孟德尔定律对各成员的表现型和基因型进行分析。通过分析，可以判断某种性状或遗传病是属于哪一种遗传方式（单基因.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-29 15:37:39

问题说明：假设有文件夹data，里面含有很多.TXT域名的文件，而文件里有特定字符需要匹配，并输出该行。#!/usr/bin/perl -wuse strict;opendir IN,"data" || die "can't open : $!\n";open OUT,">>outfile";my @file=grep (/\.TXT/,readdir IN);foreach my $list(@file){    open TWO,"data/$list" o.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 16:51:47

#!/usr/bin/perl -wuse strict;system ("../samtools view -b -S 1a.sam >1a.bam");system ("../samtools view -b -S 1b.sam >1b.bam");system ("../samtools view -b -S 1c.sam >1c.bam");system ("../samtools view -b -S 1d.sam >1d.bam");system ("../samtools view -b -S 2a.sam >2a.bam");system ("../samtool.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 16:49:52

#!/usr/bin/perl -wuse strict;print "input your file,then press Enter!\n";my $file=<STDIN>;my $key;my %seq;open IN,"<$file";open OUT,">resulta";   while (<IN>){     if (/>/){ $key=$_;}else{$seq{$key}.=$_;}   foreach my $target(values %seq){ &nb.........【阅读全文】