发布时间：2015-11-26 20:41:33

#!/usr/bin/perl $example = <<e>A|c21852_g1f1XXXXXX>B|10011958mXXXXXX>C|311240XXXXXX>D|AT1G01880XXXXXX............E;open IN,"<FILE";<file";<rr.faa.muscle";open OUT,">result";while (){chomp;if(/^>/){ $key =$_;}else{$hash{$key}.=$_}}foreach $line(keys %hash){ chomp$line;  .........【阅读全文】

发布时间：2015-11-26 20:39:03

#!/usr/bin/perl #open IN,'<','FILE';open OUT,">Result";while (<IN>){chomp;@arr = split(/\s+/,$_);$title = shift @arr;$num = pop @arr;$other = join("\t",@arr);     if($hash{$title}){        if ($num > $hash{$title}){    &nbs.........【阅读全文】

发布时间：2015-04-21 08:16:00

#!/usr/bin/perl -w use strict;#use Perl::Tidy;#use Getopt::Long;my ($head,%h,$key,$len,@len_arr,$total,$num,$sub_count,$first);print "input your sequence file name,then press Enter!\n";$first=<STDIN>;open IN,"<$first";while (<IN>){ chomp; if(/^>/){ $head=$_;}else{$h{$head}.=$_}}#  .........【阅读全文】

发布时间：2015-04-01 11:01:42

##########################   bioperlinstall    ##############################win7 bioperl安装用cpan安装1）通过PPM安装MinGW（环境需要），输入cmd进入DOS界面，ppm installMinGW（ppm install MinGW64默认32位），事先需要安装activeperl或者strabberyperl。注意：需要考.........【阅读全文】

发布时间：2015-03-20 10:59:20

#!/usr/bin/perl -wuse strict;##############################使用方法：windows的dos界面或者linux下：perl file_name###########################my ($input_file,$head,$line,$width,%seq);print "输入文件名称，并按Enter\n";$input_file=<STDIN>;  chomp$input_file;open IN,"<$input_file";open OUT.........【阅读全文】

发布时间：2015-01-04 15:23:59

##用到的函数opendir DIRHANDLE, EXPR  # To open a directoryreaddir DIRHANDLE        # To read a directoryrewinddir DIRHANDLE      # Positioning pointer to the beginingtelldir DIRHANDLE      &.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-22 15:52:44

#!/usr/bin/perl -wprint"input your file,then press Enter!\n";my $file=<STDIN>;open FILE,"$file";open OUT,">result";  while (<FILE>){      chomp;      if(/>/){          $head=$_;      }else{$.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-22 10:11:49

#!/usr/bin/perl -wprint"input seq_1,press Enter!\n";$seq_1=<STDIN>;open ONE,"$seq_1";print"input seq_2,press Enter!\n";$seq_2=<STDIN>;open TWO,"$seq_2";   while (<ONE>){       chomp;       if (/>/){      &nbs.........【阅读全文】

发布时间：2014-10-19 11:15:14

如果统计fastq序列的GC含量只需稍微改变一下即可！......【阅读全文】

发布时间：2014-09-29 15:37:39

问题说明：假设有文件夹data，里面含有很多.TXT域名的文件，而文件里有特定字符需要匹配，并输出该行。#!/usr/bin/perl -wuse strict;opendir IN,"data" || die "can't open : $!\n";open OUT,">>outfile";my @file=grep (/\.TXT/,readdir IN);foreach my $list(@file){    open TWO,"data/$list" o.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 16:49:52

#!/usr/bin/perl -wuse strict;print "input your file,then press Enter!\n";my $file=<STDIN>;my $key;my %seq;open IN,"<$file";open OUT,">resulta";   while (<IN>){     if (/>/){ $key=$_;}else{$seq{$key}.=$_;}   foreach my $target(values %seq){ &nb.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 16:49:01

#!/usr/bin/perl -w#use strict;open OUT,">mac";print "please input your file name(match target),then press Enter.\n";while (){    chomp;          if (/>/){ $key=$_;       my       @m.........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 15:51:04

#!/usr/bin/perl -w$|=1;print "input your genome sequence,then press Enter!\n";my $seq=<STDIN>;open FASTA,"$seq" or die "can not open FASTA file,$!";print "input your gff file name,then press Enter!\n";my $gff=<STDIN>;open GFF,"$gff" or die "can not open GFF file,$!";open OUT,">gene_sequence".........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 15:45:58

文件说明：数据如下，我想提取第三列含gene的行的特定##gff-version 3Chr1    phytozome9_0    gene    3631    5899    .    +    .    ID=AT1G01010;Name=AT1G01010Chr1    .........【阅读全文】

发布时间：2014-09-28 14:43:46

#!/usr/bin/perl -w  #使用方法：perl transfer.pl file.gb ##文件的格式有三种$inputfile="<id.gb";$format1="genbank";$outputfile=">id.fasta";$format2="fasta";use Bio::SeqIO;         $in = Bio::SeqIO->new(-file => "$inputfile" ,    .........【阅读全文】