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安徽屯溪,哈尔滨的雪地,扬州的瘦西湖,想必知道我是谁了吧!!对,小金思密达

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分类: PERL

2014-10-19 11:15:14

#!/usr/bin/perl -w
print"input your file,then press Enter!\n";
 $file=;
 open IN,"$file";
 open OUT,">rsult";
 while(){
       chomp;
      if (/>/){
     $head=$_;}else{
     $seq{$head}.=$_;}
     }
        local $/=undef;
       foreach $line(values %seq){
              $count=0;
              $num=length$line;
              for ($i=0;$i<$num;$i++){
                    $word=substr($line,$i,1);
                    if ($word=~/[GC]/){
                         $count++;
                        }else{$ratio=$count/$num;}
                  }
             
            print OUT "$ratio\n";
       }
         
         exit;
      ####这个是简单版,比较麻烦###    请看下一个      


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