GFF3信息提取

文件说明：数据如下，我想提取第三列含gene的行的特定
##gff-version 3
Chr1    phytozome9_0    gene    3631    5899    .    +    .    ID=AT1G01010;Name=AT1G01010
Chr1    phytozome9_0    mRNA    3631    5899    .    +    .    ID=PAC:19656964;Name=AT1G01010.1;pacid=19656964;longest=1;Parent=AT1G01010
Chr1    phytozome9_0    five_prime_UTR    3631    3759    .    +    .    ID=PAC:19656964.five_prime_UTR.1;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    CDS    3760    3913    .    +    0    ID=PAC:19656964.CDS.1;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    CDS    3996    4276    .    +    2    ID=PAC:19656964.CDS.2;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    CDS    4486    4605    .    +    0    ID=PAC:19656964.CDS.3;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    CDS    4706    5095    .    +    0    ID=PAC:19656964.CDS.4;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    CDS    5174    5326    .    +    0    ID=PAC:19656964.CDS.5;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    CDS    5439    5630    .    +    0    ID=PAC:19656964.CDS.6;Parent=PAC:19656964;pacid=19656964
Chr1    phytozome9_0    three_prime_UTR    5631    5899    .    +    .    ID=PAC:19656964.three_prime_UTR.1;
下面的脚本可以帮你实现，例子结果应该是 ： Chr1 ID=AT1G01010 3631 5899
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
print"please input your gff3 file name,then press Enter!\n";
my $plant_gff=;
open FILE,"$plant_gff";
open OUT,">result";
 
my  @file=;
foreach my $line(@file){
my    ($first)=split(/;/,$line);
my  @second=split(/\t/,$first);
my $second_8=substr($second[8],3);
  print OUT"$second[0]\t$second_8\t$second[3]\t$second[4]\n" if ($second[2] eq "gene");
}
exit;