Mrbayes MPI版本的编译及应用

1 编译前的准备

本次编译的是Mrbayes 3.2.2版本。其实都是很简单的事情，只是有些依赖的东西要解决。

平台环境如下：

Ubuntu server 12.04LTS 64位

Linux版本为 3.2.0-57

Gcc编译器采用的 gcc 4.6

MPI软件如下（在新立德中安装即可）：

1. OpenMPI：

Openmpi-bin

Openmpi-checkpoint

Openmpi-common

Libopenmpi1.3

 

2. MPICH：

Mpich-bin

Mpich-mpd-bin

Libmpich1.0gf

Libmpich-mpd1.0gf

Mpich2
Libmpich2-3
Mpi-default-bin

有些虽然可能不是必要的，而且这是两套MPI框架。不过除了Mrbayes外，像PhyML的多线程版本也会使用这些框架的。因此安装了也无妨，总会用到的。

Mrbayes的包下载自官方网站，网址如下：下载其中的source code就可以了。
 

2 编译MPI版本的MRBayes

1.  关于编译单线程的版本这里就不说，编译多线程的其实跟单线程的也没什么太大区别。首先先检查下你的gcc编译器，我是在gcc 4.6的版本下编译成功的。

$which gcc

2.  解压源码包，将路径切换至src目录下，具体路径看你自己的设置。

$cd src

3.  先自动配置

$autoconf

如果没有这步，src文件夹下是不会有configure这个文件的，网上有篇教程中忽略了这步，所有有些人可能就发现无法配置，也不能make。

4.  设置参数

$./configure （如果你是编译单线程版本直接默认就可以了）

$./configure –enable-mpi=yes –with-beagle=no

如果你不启用GPU加速，应该像上面这样设置，否则你需要确定你的工作站安装了NVIDIA显卡并采用了CUDA驱动，那么你可以安装libbeagle，并直接启用mpi配置：

$./configure –enable-mpi=yes

当然我只编译了多线程，并没有采用GPU加速，因此是使用了上面的参数。

5.  编译

$make clean （清除掉先前编译的内容，第一次编译的时候就免了。）

$make （编译，可能要等上一小会儿。）

$make install （将程序安装在程序目录下，这样可以在终端直接调用，不过直接拷贝编译好的文件在当前文件夹下用也是没有问题的。）

默认编译好的文件为mb。

3 MPI版本的启用

运行的方法可以如下：

$mpirun –np 8 ./mb（-np 8 表示采用8个线程来执行）

$mpiexec –n 8 ./mb（-n 8 表示采用8个线程来执行）

启动后跟单现成的界面差不多，但是在前面的信息中会告诉你采用了多少个线程。剩下的操作就跟单线程的没什么区别了。你也可以从系统监视器中看到如果你启用了8个线程，那么有8个CPU的负载应该是100%的。

你也可以将要执行的步骤卸载nex文件中直接在命令行中加载。

$mpirun –np 8 ./mb your_file.nex

例如：

……

END；（NEX序列结尾）

begin mrbayes;

mcmc ngen=10000000 printfreq=1000 samplefreq=1000 checkpoint=yes checkfreq=10000 stoprule=yes stopval=0.01;

mcmc;

sump relburnin=yes burninfrac=0.25;

sumt relburnin=yes burninfrac=0.25;

end;

 

   祝各位好运吧。