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发布时间:2017-08-05 19:02:13

COG注释 [原文网址] http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102ux6u.htmlCOG:数据库下载链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/注意这个数据库还包含个KOG那指的是真核生物的,目前用的蛋白质直系同源注释还有一个eggNOG数据库,这个比较全面,包含的比较多,但是到最后还是要分到COG. 在以.........【阅读全文】

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发布时间:2016-08-24 09:26:15

使用Infernal对Rfam 12进行RNA注释by 斑斑转载请注明出处,欢迎来QQ群178750864交流有关生物信息学的相关内容 Rfam库可以用于对RNA-Seq或宏基因组数据进行RNA类型的注释,在Rfam 11及其之前的版本,对未知序列的比对是基于rfam_scan.pl和Infernal 1.0.x来实现的,并且需要blast程序的辅助。Rfam_sca.........【阅读全文】

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发布时间:2016-07-04 20:04:27

本文翻译自CAP3自带的说明文档,由于水平有限,文中尚有存在疑义的地方,阅读时请参照原文进行解读。  TransDecoder识别转录本序列中候选的编码区域,诸如那些将RNA-Seq数据用Trinity从头组装或者使用Tophat和Cufflinks将RNA-Seq比对到基因组中构建的转录本。TransDecoder 基于以下标准识别可能的编码.........【阅读全文】

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发布时间:2016-06-30 17:53:29

本文翻译自CAP3自带的说明文档,由于水平有限,文中尚有存在疑义的地方,阅读时请参照原文进行解读。 若使用CAP3请引用文章:Huang, X. and Madan, A.  (1999)CAP3: A DNA Sequence Assembly Program,Genome Research, 9: 868-877. 简介我们在以下几方面对CAP序列组装程.........【阅读全文】

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发布时间:2013-08-16 11:32:03

没想到这么快再次接触芯片数据,这次的芯片类型是affymetrix的U133A芯片。其实是已经公布的数据了,只是拿来再看看。这次只是先简单看下,所以并不是从原始数据开始分析。数据是06年的老数据。在EBI的ArrayExpress上下的。如下:     这次只说下如何将探针ID转换为基因的SYMBOL。当然相同的方法也可以.........【阅读全文】

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