分类： LINUX
2010-09-22 10:18:01
| DLPOLY的编译过程 |
| 一、什么是DL_POLY DL_POLY是串行和并行分子动力学模拟软件包。DL_POLY目前有两个版本。DL_POLY_2是原始版本，用复制数据的方法并行化，适用于在 100个处理器上模拟三万个原子的情况；DL_POLY_3的并行化使用区域分解，适用于在8至1024个处理器上，模拟百万量级的原子。对于一个 DL_POLY许可，同时提供两个版本。DL_POLY还提供基于JAVA语言的图形用户界面。 二、DL_POLY_2.20的安装 1、安装java环境： #aptitude install sun-java6-jdk 2、安装gfortran(GNU 开发fortran的编译器) #aptitude install gfortran 3、安装libmpich1.0-dev(需要并行计算，需要装这个包，否则不需要) #aptitude install libmpich1.0-dev 4、安装c/c++的编译环境 #aptitude install build-essential 5、编译DL_POLY_2.2 5.1串行计算 $mkdir seri $cp -r /opt/dl_poly_2.20 /opt/seri $cd /opt/dl_poly_2.20 $cp build/MakeSEQ /srcmod/Makefile $cd srcmod $make clean (这一步很重要，因为我开始没有加编译不通过，想了好久，感觉不可能，就想再编译一次，由于习惯，就执行了一下，成功了，其实现象执行一次成功是很正常的) $make gfortran 5.2并行计算 $mkdir para $cp -r /opt/dl_poly_2.20 /opt/para $cd /opt/dl_poly_2.20 $cp build/MakePAR /srcmod/Makefile $cd srcmod $make clean (这一步很重要，因为我开始没有加编译不通过，想了好久，感觉不可能，就想再编译一次，由于习惯，就执行了一下，成功了，其实现象执行一次成功是很正常的) $make gfortran (注：并不是并行一定比串行快，串行的计算还是串行快，所以才需要安装串行的) 5.3关于Makefile 在软件目录下有一个build文件夹，里面有makefile．根据自己的计算机cpu类型将相应的makefile挎贝到srcmod 目录中，并将文件名改为Makefile,然后就可以直接make target (本文采用GNU fortran,make gfortran就可以了) • MakePAR - to build a parallel MPI version on a unix platform; • MakeSEQ - to build a sequential (one processor) unix version; • MakeWIN - to build a Windows (one processor, XP) version. 6、测试 编译成功，会在execute文件夹下生产DLPOLY.X的文件，下面就可以运行官方提供的示例来验证成功与否了。 示例下载地址： 例如：下载TEST5.tar.gz 解压：$tar xvf TEST5.tar.gz 新建一个文件夹test，将DLPOLY.X文件拷贝到该文件夹下，将TEST5目录下的CONFIG，CONTROL，FIELD文件拷贝到先前的test文件夹下, 执行DLPOLY.X $./DLPOLY.X 看生成的OUTPUT文 给主人留下些什么吧！~~
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