DLPOLY的编译过程

DLPOLY的编译过程

一、什么是DL_POLY
DL_POLY是串行和并行分子动力学模拟软件包。DL_POLY目前有两个版本。DL_POLY_2是原始版本，用复制数据的方法并行化，适用于在 100个处理器上模拟三万个原子的情况；DL_POLY_3的并行化使用区域分解，适用于在8至1024个处理器上，模拟百万量级的原子。对于一个 DL_POLY许可，同时提供两个版本。DL_POLY还提供基于JAVA语言的图形用户界面。

二、DL_POLY_2.20的安装
1、安装java环境：
#aptitude install sun-java6-jdk

2、安装gfortran(GNU 开发fortran的编译器)
#aptitude install gfortran

3、安装libmpich1.0-dev(需要并行计算，需要装这个包，否则不需要)
#aptitude install libmpich1.0-dev

4、安装c/c++的编译环境
#aptitude install build-essential

5、编译DL_POLY_2.2
5.1串行计算
$mkdir seri
$cp -r /opt/dl_poly_2.20 /opt/seri
$cd /opt/dl_poly_2.20
$cp build/MakeSEQ /srcmod/Makefile
$cd srcmod
$make clean (这一步很重要，因为我开始没有加编译不通过，想了好久，感觉不可能，就想再编译一次，由于习惯，就执行了一下，成功了，其实现象执行一次成功是很正常的)
$make gfortran
5.2并行计算
$mkdir para
$cp -r /opt/dl_poly_2.20 /opt/para
$cd /opt/dl_poly_2.20
$cp build/MakePAR /srcmod/Makefile
$cd srcmod
$make clean (这一步很重要，因为我开始没有加编译不通过，想了好久，感觉不可能，就想再编译一次，由于习惯，就执行了一下，成功了，其实现象执行一次成功是很正常的)
$make gfortran
(注：并不是并行一定比串行快，串行的计算还是串行快，所以才需要安装串行的)
5.3关于Makefile
在软件目录下有一个build文件夹，里面有makefile．根据自己的计算机cpu类型将相应的makefile挎贝到srcmod 目录中，并将文件名改为Makefile,然后就可以直接make target (本文采用GNU fortran,make gfortran就可以了)
• MakePAR - to build a parallel MPI version on a unix platform;
• MakeSEQ - to build a sequential (one processor) unix version;
• MakeWIN - to build a Windows (one processor, XP) version.

6、测试
编译成功，会在execute文件夹下生产DLPOLY.X的文件，下面就可以运行官方提供的示例来验证成功与否了。
示例下载地址：
例如：下载TEST5.tar.gz
解压：$tar xvf TEST5.tar.gz
新建一个文件夹test，将DLPOLY.X文件拷贝到该文件夹下，将TEST5目录下的CONFIG，CONTROL，FIELD文件拷贝到先前的test文件夹下,
执行DLPOLY.X
$./DLPOLY.X
看生成的OUTPUT文件，如果没有error,说明执行成功,在OUTPUT文件中会有一些可用来分析的数据

本文引用地址：