新竹市孔子廟原為淡水廳儒學學宮，清喜慶十五年（1810年）閩粵總督方維甸，巡台生員張董、郭菁英、王士俊等呈請所立。清嘉慶十九年（1814年）巡道縻奇瑜詳請總督汪志伊、巡府張師誠題准。清嘉慶二十二年（1817年）同知張學溥、貢生林璽、稟生郭成金、鄭用錫、林長青、監生林紹賢等提捐興建文廟,，其址位於新竹城內柲希磺宓拦馑哪辏?824年），同知吳性誠時完工。清道光九年（1829年）同知李慎彝增建名宦、鄉賢、昭忠與節孝四祠。
清道光十年（1830年），板橋林平侯亦曾捐助學田，至清末一直是北部重要的文廟建築。清同治五年（1866年）添購祭器、樂器及佾生樂生服飾，體例臻於完備。
日治初期曾被充作日軍新竹守備隊兵舍,，致使祭典暫時廢止。後因民眾抗議而恢復，駐軍亦被撤去，大成殿仍安置神位。後來則充作新竹女子公學校使用，將兩側之名宦祠、節孝祠與栁鲀蓮T改建為教室。光復後於民國四十六年（1957年）將僅存之舊料拆遷至中山公園現址，僅大成門與大成殿尚維持原貌。民國七十六年（1987年）起由市政府分年修建完成。