苗栗地區的行政區劃從明末以來多有變動，清康熙二十三年（1684年）起隸屬於臺灣府諸羅縣。
隨著移民的增加和地位的逐漸重要，雍正元年(1723年)臺灣北部增設淡水廳及彰化縣，苗栗地區屬於彰化縣管轄,，雍正九年(1731年)改歸淡水廳管轄，光緒元年(1875年)增設臺北府，將淡水廳分為淡水、新竹兩縣，苗栗隸屬於臺北府新竹縣。臺灣建省後，苗栗正式設縣，隸屬於臺灣府。
苗栗地區從乾隆年間逐漸開發之後文風日盛，讀書考科舉的人越來越多，因此在光緒八年(1882年)有例貢生林際春、廩生陳萬青、生員黃文龍、監生邱蘊常、范炳輝等人倡議建造被民間崇祀為主管考試和讀書的文昌帝君祠，延聘堪輿師監生王柡１O造，規模為一座二進及左側護龍，共十六間。工程於光緒十一年(1885年)完成,，同年、董事林際春由新竹背負文昌帝君神像入祠安座。文昌帝君配祀韓文公(韓愈)及倉頡，有祀田兩處，一在四湖桄榔埔，一在蛤子市斗涵頭。
光緒十五年冬(1889年)首任苗栗縣知縣林桂芬抵任,文昌祠 ，因當時苗栗縣初設，所以把文昌祠作為暫時的辦公場所，一年後才遷到新建完成的衙署。光緒十八年(1892年)、又在文昌祠內的倉頡廳及左護龍設立英才書院，做為苗栗地區主要的教育機構，在臺灣割讓後，書院失去了原有的功能；而文昌祠則是一度淪為日人的憲兵駐屯地、公學校分教場和支廳宿舍，也因而遭到嚴重的破壞，直到光復後才加以重新整修。
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