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分类: 高性能计算

2015-02-10 15:06:38

 

 

ABINIT--源码编译安装

 

 

 

软件简介

官方主页

ABINIT是采用GNU开放源代码的形式来发布的,可以免费下载使用。其主程序使用赝势和平面波,用密度泛函理论计算总能量,电荷密度,分子和周期性固体的电子结构,进行几何优化和分子动力学模拟,用TDDFT(对分子)或GW近似(多体微扰理论)计算激发态。此外还提供了大量的工具程序。程序的基组库包括了元素周期表1-109号所有元素。ABINIT适于固体物理,材料科学,化学和材料工程的研究,包括固体,分子,材料的表面,以及界面,如导体、半导体、绝缘体和金属。

 

安装

推荐使用 intel parallel studio 集群版编译安装,本文档以用intel编译器编译的openmpi为例(关于mpi的编译安装请参见常用mpi安装文档)。

文件准备

ABINIT提供一些额外的插件功能支持,包括bigdftnetcdfetsfwannier90等,这些插件包并不包含在安装包里,在配置过程中会自动从网上下载,如果安装时不能访问互联网,但又想安装这些插件,可以先下载这些插件包,一并上传到服务器上,并在configure

使用--with-tardir参数指定这些软件包的存储路径(/share/source/Abinit/ext_tar)。插件包包括:

atompaw-3.0.1.9.tar.gz

bigdft-abi-1.0.4.tar.gz

etsf_io-1.0.4.tar.gz

FoX-4.1.2.tar.gz

lapack-abinit_6.10.tar.gz

libxc-2.0.1.tar.gz

wannier90-1.2.0.1.tar.gz

编译安装

source /share/scripts/openmpi-intel.env

cd /share/source/Abinit

tar -xvf abinit-7.6.1.tar.gz

cd abinit-7.6.1

./configure \ #指定使用intel的编译器

--prefix=/share/apps/Abinit7.6.1 \ #指定软件安装路径

--enable-64bit-flags \ #开启64位相关标志

--enable-mpi \ #开启mpi支持

--with-mpi-prefix=/share/apps/mpi/openmpi-1.6-intel \ #指示mpi安装的路径

--with-linalg-libs="-L/share/apps/goto2/ -llibgoto2" \ #指示blas+lapack

--with-tardir=/share/apps/source/Abinit/ext_tar #指定扩展包放置路径

make && make install 

运行测试

测试前的准备

su - test

mkdir abinit_test

cd abinit_test

cp /share/apps/Abinit7.6.1/share/abinit-test/v1/Input/t01.in .

创建输入控制文件 t01.run,文件内容如下

cat t01.run

t01.in #输入参数存放文件名

t01.out #输出文件文件名

t01.i #输入文件前缀名

t01.o #输出文件前缀名

t01 #

/share/apps/Abinit7.6.1/share/abinit-test/Psps_for_tests/13al.pspgth #设置赝势的文件名

载入使用的环境变量

source /share/scripts/openmpi-intel.env

 

手动运行abinit

mpirun -np 4 –host node1 /share/apps/Abinit7.6.1/bin/abinittest.log &

使用PBS脚本提交

作业提交脚本如下
cat abinit_test.pbs

#!/bin/bash

#PBS -N abinit_test

#PBS -q batch

#PBS -l nodes=4:ppn=1

#PBS -j oe

#PBS -l walltime=10:00:00

cd $PBS_O_WORKDIR

NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`

mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /share/apps/Abinit7.6.1/bin/abinittest.log

 

提交作业:qsub abinit_test.pbs

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