尽管Linux基金会一直宣称Linux桌面用户在不断攀升，但这丝毫不能打消人们对开源的疑虑，导入开源代码对企业是否真的有利，一直还处在莫衷一是的讨论阶段。笔者认为缺乏明显的商业模式是开源面临的首要问题，它间接造成了开源软件的版本不一致、硬件兼容性、稳定性和技术支持等系列问题。
由于利益关系，商业软件都有明确的职责和对象，而硬件厂商也愿意提供支持。比如微软的Windows系统，不仅在驱动程序上拥有统一标准，几乎所有硬件都能提供经过微软认证的对应驱动程序。但转向Linux时，企业就必须面对无法驱动的风险。虽然Linux拥有广大的开发者社群，一般来说新硬件很快便有爱好者提供对应的解决方案，但毕竟对企业而言掌握度偏低。
此外，就企业应用来说，软件系统维运效益，在采购评估中占重要比例，Linux过去在软、硬件方面的支持都不足，企业当然不会贸然将其推上桌面，造成使用者和维护人员的困扰。
解决前述问题后，使用习惯也是Linux走入商用桌面的挑战，多数使用者已习惯或熟悉Windows操作系统。
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