我列出来的是我一直在用的，感觉比较好的。
1.Meld
我首先推荐Meld，支持两方/三方文件/目录比较，实时编辑，CVS管理，适合大型项目。
官方地址：
2.emacs ediff
我是使用emacs做编辑器的，所以在一些简单的几个文件比较的时候，就直接使用ediff。
ediff在比较目录的时候不太方便。
3.diff
这个没什么好说的。不过我只在做patch的时候会用到，真的要比文件时，还是用上面两种。
其他的还有很多像Kompare,kdiff3,xdiff等等，有的是用过但感觉不太好用，有的根本就没用过。
[03/06]:发现上面几个工具都不能比较二进制文件，搜寻中...
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