发布时间：2017-06-06 22:12:07

miRDeep是个老牌的从高通量数据中注释miRNA的程序。本文撰写时，其最新版本为2.0.0.8.更新时间为2016年的5月。本文记录一些在安装使用过程中遇到的问题，希望为遇到类似问题的朋友们提供一些启示和帮助。环境：系统：ubuntu 16.04 LTSPerl：5.22+问题1：install.pl 和 make_html.pl目前如果要使用miRDeep2，必须要运.........【阅读全文】

发布时间：2017-06-06 22:11:25

使用Infernal对Rfam 12进行RNA注释by 斑斑转载请注明出处，欢迎来QQ群178750864交流有关生物信息学的相关内容 Rfam库可以用于对RNA-Seq或宏基因组数据进行RNA类型的注释，在Rfam 11及其之前的版本，对未知序列的比对是基于rfam_scan.pl和Infernal 1.0.x来实现的，并且需要blast程序的辅助。Rfam_sca.........【阅读全文】

发布时间：2017-06-06 22:10:31

Kristoffer  Knudsen,  Johannes  Waage 5 Dec 2013 翻译：斑斑 2016年7月14日 欢迎加入生物信息QQ群78750864讨论相关问题 1 Alternative 5’/3’ splice sites (A5 / A3) ?          可变转录起始位点（ATSS）/可.........【阅读全文】

发布时间：2017-06-06 22:08:46

本文翻译自CAP3自带的说明文档，由于水平有限，文中尚有存在疑义的地方，阅读时请参照原文进行解读。 若使用CAP3请引用文章:Huang, X. and Madan, A.  (1999)CAP3: A DNA Sequence Assembly Program,Genome Research, 9: 868-877. 简介我们在以下几方面对CAP序列组装程.........【阅读全文】

发布时间：2017-06-06 22:07:59

本文翻译自CAP3自带的说明文档，由于水平有限，文中尚有存在疑义的地方，阅读时请参照原文进行解读。  TransDecoder识别转录本序列中候选的编码区域，诸如那些将RNA-Seq数据用Trinity从头组装或者使用Tophat和Cufflinks将RNA-Seq比对到基因组中构建的转录本。TransDecoder 基于以下标准识别可能的编码.........【阅读全文】