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2016年(4)

我的朋友

发布时间:2016-03-28 17:38:51

这篇教程写了在不同工作模式下使用VIM的一些基本技巧 -- 即插入模式(insert mode), 命令模式(command mode), 存取文件等。目的是帮助刚刚接触VIM的新手更加有效率的使用这个出色的编辑器。说明:在这篇文章里面,代表Ctrl + X -- 就是按住Ctrl键然后再按X。而且你可以在很多情况下使用 :help command 来获得大.........【阅读全文】

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发布时间:2016-03-28 17:36:56

全基因组重测序数据分析1. 简介(Introduction)通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以及SNP的座位;针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析;我们将分析基因功能(包括miRNA),重组率(Recombination)情.........【阅读全文】

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发布时间:2016-03-28 17:33:18

    从原始的数据开始,进行reads回帖,到拼接转录本,计算表达量,分析差异表达,最后可视化分析结果。     TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上,然后通过拼接,我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域,称为consensus,这.........【阅读全文】

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发布时间:2016-03-28 17:31:33

The output from short read aligners like Bowtie and BWA is commonly stored in SAM/BAM format. When presented with one of these files a common first task is to calculate the total number of alignments (reads) captured in the file. In this post I show some examples for finding the total number of re.........【阅读全文】

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