磁盘碎片的危害
通常，磁盘碎片并不影响硬盘的正常工作，它的主要危害在于会降低硬盘的读写速度，不过当大量磁盘碎片存在于Windows的重要文件中时，也可能导致系统崩溃或数据丢失。磁盘碎片会降低硬盘读写速度的原因来自两个方面。
第一方面，观察上图，当硬盘读取文件“橘子”时，磁头需划过图中的阴影区域，但其中有一部分并不是“橘子”所在的扇区，因此，和读取连续的文件比起来，读取碎片“橘子”时，硬盘增加了等待盘片旋转到指定扇区的潜伏期和磁头切换磁道所需的寻道时间。
同理，在写入数据时，也会因无法将数据写入到连续的扇区中而降低速度。
另一方面是因为缓存，操作系统会在内存中划分一部分区域作为缓存，有些硬盘也会为内置的缓冲区设置缓存功能，缓存的一项功能是“预取”：在硬盘读取完指定扇区的数据之后、接到系统的下一条指令之前，磁头接着读取相邻的若干扇区的数据并存入缓存中，如果系统接下来所需的数据正好就是相邻扇区的数据，那么便可以直接从缓存中读取而不用磁头再寻址，提高了访问速度。
缓存同样可以增加硬盘的写入速度。在实际生活中，一般的文件都会占用成千上万个扇区的空间，根据缓存“预取”的原理，如果硬盘中的文件完全没有磁盘碎片的话，那么“预取”的命中率就可以达到几乎100%，但因为有磁盘碎片，通常“预取”的命中率只在50%左右。
整理已经存在的磁盘碎片
既然知道了磁盘碎片的危害，接下来就是要了解如何去除磁盘碎片。要去除硬盘中已经存在的磁盘碎片，通常的做法是使用专门的磁盘碎片整理程序，它可以分析硬盘中的磁盘碎片，移动并合并碎片文件，使每个文件都可以占用硬盘上单独而连续的储存空间。
使用Windows的磁盘碎片整理程序
对于使用Windows系统的用户来说，进行磁盘碎片整理是很方便的，因为在Windows系统中自带了一个磁盘碎片整理程序，您可以通过开始菜单运行这个程序。该程序界面简单、使用十分方便，它和Windows系统的兼容性很好，而且免费，是大多数人的第一选择。它最大的缺点是整理磁盘碎片的速度较慢。
使用其它的磁盘碎片整理程序
除了使用Windows自带的磁盘碎片整理程序外，我们还可以选用其他软件公司开发的磁盘碎片整理程序。这些软件大都是收费的，界面也通常是英文的，不过它们在整理磁盘碎片方面的能力是Windows的整理程序无法比拟的。
一、Vopt XP
二、Norton Speed Disk
三、 O&O Defrag
四、Executive Diskeeper
五、PerfectDisk
以上五款磁盘碎片整理程序都是较为著名的，而且在网络上可以找到它们的汉化补丁，通过汉化补丁可以将它们的界面汉化为中文。
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