Installation of Phonopy

I installed Phonopy today afternoon. And I got much help from the websit: http://hi.baidu.com/meizhimeiwei_xyz2009/blog/item/295b9dfa9742856a024f5677.html

 

有时候由于服务器上python版本太低（低于python2.4），而不能安装phonopy，在这种情况下，我们可以尝试自己安装个python来用。

详细步骤：

假设现在你的机子上已经有了如下文件：

python2.4.tar.gz

phonopy-0.9.1.3.tar.gz

numpy-1.4.0.tar.gz

matplotlib-0.99.1.2.tar.gz

lxml-2.2.4.tar.gz

PyYAML-3.09.tar.gz

1. 首先，全部解压：

[whw@einstein ~]$ tar zxvf phonopy-0.9.1.3.tar.gz

[whw@einstein ~]$ tar zxvf python2.4.tar.gz

[whw@einstein ~]$ tar zxvf numpy-1.4.0.tar.gz

[whw@einstein ~]$ tar zxvf matplotlib-0.99.1.2.tar.gz

[whw@einstein ~]$ tar zxvf lxml-2.2.4.tar.gz

[whw@einstein ~]$ tar zxvf PyYAML-3.09.tar.gz

2. python2.4.tar.gz在解压过程中生成了如下文件：

ccpnmr/python2.4/Python-2.4.2.tgz
将该文件移动到用户主目录下

执行：

[whw@einstein ~]$ tar zxvf Python-2.4.2.tgz

3. 进入Python-2.4.2目录下,执行

[whw@einstein Python-2.4.2]$ ./configure --prefix=/home/whw/Python-2.4.2

[whw@einstein Python-2.4.2]$ make

[whw@einstein Python-2.4.2]$ make install

4. 在./barsh_profile文件内添加如下文字：

PATH=$PATH:$HOME/Python-2.4.2/bin
export PATH

PATH=$PATH:$HOME/phonopy-0.9.1.3/bin
export PATH

export PYTHONPATH=~/phonopy-0.9.1.3/lib64/python

5. 重新登陆putty

6.进入numpy-1.4.0目录下，执行

[whw@einstein numpy-1.4.0]$ python2.4 setup.py install --home=//home/whw/phonopy-0.9.1.3

7. 进入matplotlib-0.99.1.1目录下，执行

[whw@einstein matplotlib-0.99.1.1]$ python2.4 setup.py install --home=//home/whw/phonopy-0.9.1.3

8. 进入lxml-2.2.4目录下，执行

[whw@einstein lxml-2.2.4]$ python2.4 setup.py install --home=//home/whw/phonopy-0.9.1.3

9. 进入PyYAML-3.09目录下，执行

[whw@einstein PyYAML-3.09]$ python2.4 setup.py install --home=//home/whw/phonopy-0.9.1.3

10 进入phonopy-0.9.1.3/c目录下

_phono3py.c, _phonopy.c和_spglib.c三个文件里都有这么一句:

#include

将其改为自己系统所对应的目录：

#include

11. 在phonopy-0.9.1.3目录下执行：

[whw@einstein phonopy-0.9.1.3]$ python2.4 setup.py install --home=.

安装完毕，这下你就可以进行phonopy计算了^_^

12. 初步测试

在phonopy-0.9.1.3目录下执行：

[whw@einstein phonopy-0.9.1.3]$ phonopy

结果显示：

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                                     0.9.1.3
POSCAR is not found.
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OK, 安装应该是正确的了，进一步的测试请参考phonopy的手册:

 

    After installation, I try to run the example Si and NaCl. For Nacl, it gives reasonable result. However, for Si, Phonopy always gives error message. Therefore, I have to register in Phonopy maillist. Fortunately, I get a prompt help from the other experts:)  Then I resolve the error with 

$~/bin/phonopy -d --dim="2 2 2"