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我的朋友

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2009-04-17 22:36:22




给出了大量CPMD学习资料和视屏。

但是,对于开源软件计算出来的物质性质的表达还需要通过画图来实现,
origin显然无法满足这些海量数据的处理和转化。
开此贴正是为了进一步学习和更好利用CPMD,希望大家多多捧场,踊跃发言,相互共享知识。

我先抛砖一块:
绘制轨道和密度图,
Molekel,molden,或者VMD

振动频率:Molden,Molekel

trajectory
可以使用traj2xyz.pl(cpmd2xyz-scripts.tar.gz中有)转化成xmol-style xyz-movie 文件,可以使用程序  Molden 或 VMD观看。

cpmd2cube,可以把DENSITY.x, ELF, LSD_ELF, SPINDEN.x, WANNIER_1.x ...等二进制文件转成Gaussian 形 cube-file格式,从而被可视化程序识别。这个命令接很多参数,从而实现不同的转换功能。

Xmol-style xyz格式的文件(GEOMETRY.xyz, TRAEJC.xyz, 或者 ION+CENTERS.xyz )

radial distribution function可以用gx.x读取TRAJEC.xyz,并用gunplot或者xmgrace画图。



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给主人留下些什么吧!~~

chinaunix网友2009-06-21 10:24:38

不错,收藏了,gnuplot挺不错的,博主啥时候写个中文教程?

chinaunix网友2009-04-18 19:49:12

我转载了,留着慢慢学。谢谢。