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2009-01-04 17:22:59

作业提交系统Torque个人安装总结(PBS)转载

PBS是功能最为齐全,历史最悠久,支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS,PBS Pro和Torque三个主要分支。 其中OpenPBS是最早的PBS系统,目前已经没有太多后续开发,PBS pro是PBS的商业版本,功能最为丰富。Torque是Clustering公司接过了OpenPBS,并给与后续支持的一个开源版本。
下面是本人安装torque的过程。
一、Torque安装
master(管理结点上)
1、解压安装包
[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz

2、进入到解压后的文件
./configure --with-default-server=master
make
make install
3
1[root@master torque-2.3.0]#./torque.setup
必须是个普通用户

2[root@master torque-2.3.0]#make packages
把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,
torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。

3[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install

4)编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes (需要自己建立)
     加入如下内容

master  np=4


node01 np=4


........


node09 np=4



5)启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local里使其能开机自启动。

6)创建队列
[root@master ~]# qmgr
create queue students
set queue students queue_type = Execution
set queue students Priority = 40
set queue students resources_max.cput = 96:00:00
set queue students resources_min.cput = 00:00:01
set queue students resources_default.cput = 96:00:00
set queue students enabled = True
set queue students started = True

4、在node0x x=1-9,计算结点上)
[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install
然后启动pbs_mom ,pbs_mom写入/etc/rc.local


二、Torque PBS使用
1、创建用户
   masterroot
   useradd test

passwd test

   输入test密码


/var/ypmake一下
2、配置普通用户的ssh
   su test

cd


ssh-keygen -t dsa


cd .ssh


cat id_pub.dsa >>authorized_keys


chmod 600 authorized_keys

3、编写作业脚本
[test1@master t]vi pbsjob
#!/bin/tcsh
#PBS -o /home/test1/pbstest/t/output 标准输出文件
#PBS -e /home/test1/pbstest/t/error 错误输出文件
#PBS -l nodes=5:ppn=4 规定使用的节点数以及每个节点能跑多少核
#PBS –q students 把任务提交到students队列中
cd $PBS_O_WORKDIR 到工作目录下(此为PBS提供的环境变量)
mpirun –machine $PBS_NODEFILE -np 20 ./vasp

4、启动mpd
mpdboot -n 10 -f mfa

mfa内容:
master:4
node01:4
….
node09:4

5、提交,查询,删除作业

提交作业:qsub pbsjob
作业提交后会有一个作业号
[test1@master pbstest]$ qsub pbsjob
48.master

查询作业:qstat
[test1@master pbstest]$ qstat
Job id                               Name                User            Time Use  S        Queue
------------------------- ---------------- --------------- --------  - -------------------------------
48.master                         pbstest               test1            00:00:00   R        students

删除作业:qdel 作业号
[test1@master pbstest]$ qdel 48

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