杀菌剂的作用方式有两种：一是保护性杀菌剂，二是内吸性杀菌剂。
在植物体外或体表直接与病原菌接触，杀死或抑制病原菌，使之无法进入植物，从而保护植物免受病原菌的危害。此类杀菌剂称为保护性杀菌剂，其作用有两个方面：
①剂喷洒后与病原菌接触直接杀死病原菌，即“接触性杀菌作用”。
②把药剂喷洒在植物体表面上，当病原菌落在植物体上接触到药剂而被毒杀，称为“残效性杀菌作用”。
保护性杀菌剂如“代森锰锌”需在农作物没有接触到病菌，或病菌未发生之前，将药剂均匀地喷洒到要保护的农作物上，若植物已经发病并造成一定损失后使用，则不会有防病效果。
内吸性杀菌剂施用于作物体的某一部位后能被作物吸收，并在体内运输到作物体的其他部位发生作用，具有这种性能的杀菌剂称为“内吸性杀菌剂”。常见的内吸性治疗杀虫剂有三唑酮”，另外咪鲜胺、咪鲜胺锰盐兼顾了保护、内吸和治疗、铲除的多重功效，被广泛用于防治各类作物的炭疽病、枯萎病、稻瘟病和稻曲病。
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