正、乾隆、嘉慶、道光數代，經壹百六十餘年，竹塹城及西南、西、西北、北、柋薄?各城廂，雖已先後成墾，建立街庄，奠定漢民生聚樂土之基業，而獨柲蠋麢M崗之外(指令之北埔、峨眉、寶山三鄉境域)尚有生番30餘社，盤踞其間。
迨至道光14年(西元1834年)，南庄方面之撫番事業略告就緒，淡水同知李嗣鄴，授權予粵籍姜秀鑾墾治竹塹柲蠋?酝庵?降兀?糜晒俜窖a助經費,，並閩人周邦正，號百萬，亦其參與，即向粵閩籌集廿四股，臻成官民聯墾，簡稱「金廣福」墾號，以姜周二氏各籍為墾戶之首。所謂「金」指官資，「廣」指粵，「福」指福建、閩意，從始計劃實施，本廟初建僅為一小公厝，至道光15年(西元1835年)墾首姜秀鑾擴建使之略具規模，奉祀觀音菩薩，祈求番害平息(時正值大撈社番突襲麻布樹排，殺傷墾民、隘丁89名)。
道光26年(西元1846年)建木造廟宇;咸豐3年(西元1853年)遷築於現址。同治10年(西元1871年)，姜榮華等倡首修，經三年而落成。光緒24年(西元1898年，民國前14年)3月15日，日本人創設了新竹國語傳習所、北埔分校場於此，但鄉人痛恨日本暴政，仇日情緒高漲，寧願接受私塾之漢文教育，故入學者廖廖無幾。同年10月1日時改稱為「北埔公學校」，當時學生人數約有88名，仍以慈天宮做為臨時教室。
直到光緒27年(西元1901年)，北埔墾首家號"姜義豐"代表人「姜振乾」贈校地，興建土磚辦公室一間，於同年11月29日始遷離此地。