白河水庫是臺灣在光復後，繼阿公店水庫，石門水庫之後，興建的第三座多目標水庫。經濟部李國鼎部長於民國48年指示完成規劃調查，並定案實施,，民國50年1月開工，民國54年6月完工，耗資新臺幣二兾灏廴f元。
水庫完成後，暫由水利局第十一工程處代管，民國62年7月水利局第十一工程處奉令結束，水庫管理暫維原體制，並於民國64年4月奉令由嘉南農田水利會代管。但白河水庫使用之省有土地及建物等不動產則由省水利局第五工程處管理，民國64年6月30日，由嘉南農田水利會成立「白河區管理處」，設置行政、管理兩股，執行白河水庫維護及營運管理並負責轄區內白河、柹健⒑訓等三工作站業務。
民國65年5月1日增設白河水庫工作站，72年精簡機構，撤銷管理處，改為「白河水庫工作站」，並將原水庫工作站併入，河柟ぷ髡竞蟻銝山工作站，民國76年4月1日恢復設置「白河水庫管理所」，並置行政、業務兩股辦事。
民國91年8月28日縣府將關子嶺風景區管理中心設於白河水庫招待所舊址，並發布縣府祕書張永進為首任中心主任，民國92年3月1日,，張永進去職。該房舍在李雅樵縣長時代便興建，原本也是計畫作為管理中心，因議會未通過而閒置。
民國94年11月26日西拉雅國家風景區管理處正式掛牌運作，白河水庫與烏山頭、南化、尖山埤及曾文等水庫亦涵蓋在內，民國97年12月22日交通部觀光局西拉雅國家風景區管理處自官田鄉嘉南村烏山頭水庫遷至白河水庫。
民國95年8月台南縣觀光協會隔了10年再次辦理的新南瀛勝景選拔，白河水庫入選前30名。