學甲慈濟宮，位於臺南縣學甲鎮市區中心，奉祀的主神保生大帝(大道公吳真人)神像，乃八百年前宋代之開基古祖神像。
明末清初，福建省泉州府同安縣白礁鄉的部份忠貞軍民隨鄭成功來台，為求渡海平安，由李姓人家迎請家鄉慈濟宮神明保生二大帝、謝府元帥和中壇元帥等三座神尊同渡，庇護眾生。先民在將軍溪畔的「頭前寮」平安登陸，後散居在學甲、大灣、草坔、溪底寮、西埔內、山寮、倒風寮等地，胼手胝足墾土屯田，並共議在學甲李姓聚落的下社角，搭建草寮奉祀保生二大帝等三尊神像。
開基保生二大帝自移駕學甲後，神明威靈顯著，遐邇傳聞，香火益盛，四方善男信女仰賴而來行香者，絡繹不絕，神明乃「相關地勢」，剛好鹽水岸內有一趙姓信徒，為感念大帝替其禳災之恩而獻廟地，乃於現址鳩工興建大帝來台後首座廟宇，各地善男信女聞風，同心協力，解囊捐獻，宮殿遂告竣工。
至於在臺灣建廟年代，各誌書紛難定，茲列舉於此：
《臺南縣志》卷一自然志云：「學甲鄉本為西拉雅平埔社,，所以有後社、中社、下社仔之地名。唯漢人入墾甚早，康熙三十二年(西元一六九三年)由張茂獲准開墾。在乾隆年間已建有『慈濟宮』，奉祀保生大帝。」
民國十五年(西元一九二六年)，日人所編篡的《學甲庄鄉土誌》所述：「本庄居民大學在三百多年前，由中國福建省的謝姓、李姓，以及泉州陳姓、吳姓及劉姓等渡台開墾。」「『慈濟宮』：清嘉慶十一年(西元一八○六年)，庄民董事謝金玉、莊盛、林鳴鶴等三名捐款二千圓，並倡導募捐建立，奉祀保生大帝。」
《諸羅縣誌》卷十二雜記志「寺廟」條有「慈濟宮」的記載：「保生大帝廟，在縣治西門外，康熙四十年(西元一七○一年)耆老募建，祀真君也。」
據本廟於民國十八年(西元一九二九年)所撰述的「慈濟宮沿革碑記」所云：「我慈濟宮有祀保生大帝、謝府元帥、中壇太子諸神佛，已歷二百六十八年星霜矣，溯自前清康熙時代，學甲村落尚屬草創，居民鮮少，先是有李姓，由祖國白礁挈眷來台，並迎請前三座神像同渡，逐寓居於學甲下社角，當是時，建草庵而祀焉。其威露顯赫，凡水旱癘疫，悉為吾民禳除。」「嗣因保生大帝神威顯赫，香火益盛，乃於清康熙四十年(西元一七○一年)改建堂皇廟宮。」
另外在民國七十二年(西元一九八三年)落今的學甲鎮下社角「白礁宮」，其建廟碑記，也出現一段和「慈濟宮」建廟有關的文字：「明末鄭成功偕忠貞軍民來台，本下社角第一代世祖李勝，由白礁慈濟宮恭奉開基二大帝、謝府元帥、中壇太子保護忠貞軍民於學甲西方頭前寮溪岸登陸，在下社角定居。當時學甲慈濟宮的廟地，原為鹽水岸內一趙姓者所有，鎮守營斗而安然無映，因而發願將其擁有之地(即現在慈濟宮廟地)恭獻大帝建廟，乾隆年(西元一七四三年)建造草庵為廟，奉祀大帝。」
細述至此，實難斷定慈濟宮真正建廟年代「歷史」本需多方考據,，提出有利佐證，讓後代子孫有循序探究之源，避免落入「轇轕紛持」之煩。我先民大部份由大陸漳泉地方移居，他們皆需渡過驚險萬分的「黑水溝」，與波濤大浪相博鬥，為撫慰心靈，故有人迎請故鄉神祇同行，以為海上保護神，登陸則奉祀家中，慢慢由「私佛仔」而為「公佛仔」，接著獻地建廟，護祐蒸黎，永享煙祀，也許這是本省「老廟」創建沿革的模式吧！