在整各南鯤鯓代天府的發展史上，依建廟過程劃分，共可以分為三期：第一期為南鯤鯓草創期，自1662年起至1817年。第二期為木康榔山開創期，自西元1817年起至西元1923年。第三期為木康榔山擴建期，自西元1923年起迄今。
卜得「虎穴」吉地，作第二次建廟的地點自從南鯤鯓海汕被破壞沈埋後，先民遷外，漸次經營，迭有成就，乃商議覓地重建神廟。五王就開始重新尋找吉地，準備遷建，以便執行「代天巡狩」的職責。有一天，三王吳府千歲親自起駕，直奔木康榔山，並卜得「虎穴」吉地，打算當作第二次建廟的地點。木康榔山的地權原本是屬於鹽水港茄苳腳吳公烈先生所有，山中有一塊直徑二尺的圓形地，四季不沾露水，大雨不濕其地，就是「虎穴 」。吳公烈多次請地理師尋找，但都沒有成功，後來得知三王爺起駕勘得「虎穴」，驚嘆之餘，便將該地貢獻出來做為建廟的用地，以表誠服。
斯時，木康榔山一片荒塚,，向來為「囝仔公」所佔領，囝仔公生前是一個牧童，死後葬在這裡，因得到靈氣而成神。囝仔公知道五王要在這裡建廟 ，馬上提出抗議，說：「這塊地是我生前所有，埋有銅針為證」。五王反駁說：「我們早在渡海來台時，就已經看中此地，並埋有銅錢為記 」。雙方會同土地公相驗，結果：「銅針」插在「錢」孔之中，無法公斷。雙方由爭吵轉為武鬥，囝仔公召集陰兵陰將和五王展開一場「神鬼大戰」。每到夜晚，刀槍相擊之聲遠及數里，連月不休，五王以三王爺為主將，大戰囝仔公的猛將「掃帚精」，雙方互有勝敗。後來，赤山巖佛祖知道這件事，就請天上聖母和保生大帝出面協調，雙方訂下契約：一、五王代囝仔公建小廟。二、大廟來進香，小廟必有敬。三、有福同享，光大南鯤鯓香火。現在三王吳府千歲的神像額頭有一道傷痕，就是當年那場大戰所留下來的英勇標幟，廟方曾經多次請工匠來修補，都無法成功。
戰火停息,，建廟工程於嘉慶二十二(西元1817年)丁丑二月晦日正式動工。但是工程浩大，建材物資相當缺乏，幸好有麻豆民婦郭鳳，受五王托夢，乘坐烏轎前來，捐獻白銀一千兩，使得工程能夠順利進行。道光二(西元1822年)六月六日完工，取名為「南鯤鯓代天府」，整個建廟工 程先後歷時五年又四個多月。斯時規模，以五王神殿為主體，呈三川門建築，迨至同治三年(西元1864年)失修，乃由蚵寮庄信徒吳港、洪虎攀、 涂嵌三人倡議重修，醵資一萬元竣事。後來又在同治十一年，增建後殿「青山寺」，崇祀觀音佛祖，以紀念當年調停的功勞。