同治11年(1872)，在台灣中部活動的天主教士先於彰化埔心建羅厝天主堂；光緒２年(1876)又於大林沙崙建堂。沙崙的駐堂神父也到雲林地區的埔姜崙、斗六門、西螺等地傳教。由於羅厝和沙崙兩地的神父也常騎馬或步行往來兩地，互相支援工作或聯絡事宜，路途必經樹仔腳渡口，乘坐竹筏渡越濁水溪。
渡溪次數增多，神父和船伕結為好友，也籍機宣揚福音。光緒16年(1890)，樹仔腳的天主徒邀請羅厝本堂神父高希龍(Francisco Giner)到樹仔腳傳道，租用一間竹造屋做為臨時佈道所。這是樹仔腳天主教會的奠基，也是雲林縣第一座天主教堂。
日本占領台灣初期，樹仔腳教會一度因局勢不安,，甚至被指責洋傳教士和日本勾結，因而民不諒解，教民也日漸流失。幾年後，日本控制全台，社會秩序安穩後，傳教工作才再度正常運作。
明治34年(1901)，洪羅烈神父(Angel Rodriguez)管理樹仔腳教會，因原來靠濁水溪旁的佈道所，常有水患，遂在饒平厝買了一大塊地(現天主堂所在地)，先建造一座土确牆稻草屋頂的聖堂，後改成木造聖堂。此期間，教務擴及頂、下麻園，教徒日多，洪神父因於大正２年(1913)重建的一座非常美麗、格局較大的木造西式教堂。這座木造教堂使用了二十多年。
德增輝(Vincent Prada)於昭和５年(1930)接掌樹仔腳本堂神父，四年後(昭和９年，1934)，他恐木造教堂被白蟻蛀壞，因而重建一座水泥磚造、融合哥德和巴洛克風味的天主堂，配上寬廣的庭園和扶疏花木,，堪稱雲林縣最美麗的教堂。