清康熙二十二年癸亥(西元一八八三年)，明鄭降清，臺灣到歸劃清朝版圖。翌年甲子設臺灣府,，下轄三縣。當時清朝為鞏固臺灣，在佈防上，派台灣鎮駐府城，台灣水師協駐安平，統轄中、左、右三營，並分別防衛各洲口。
由於台灣府仍屬於福建管轄，所以各營官兵都由福建派駐的班兵，輪流戍守。安平水師班兵便是由福建水師提標及所轄各鎮、協、營等單位的兵士抽調而來。因此來自同鄉的不同班兵，便以部隊為單位，在安平建造廟館，做為供奉家鄉神祇及聯絡聚會的場所。
當時這些班兵所建的廟館共有五座：「提標館」、「烽火館」、「閩安館」、「金門館」、「海山館」；合稱為「安平五館」 海山館便是由福建海壇鎮標班兵建造的廟館，簡稱海壇館。又因海壇鎮的駐防地，有一座山叫海山，班兵建館後，基於思鄉情節，便以海山為名，而稱「海山館」海山館主祀聖母媽祖，配祀五帝爺及五福爺，對於輪調班兵的軍心具有穩定的作用。
光緒二十一年乙未(西元一八九五年)。臺灣割讓日本後，安平五館因為失去原本的功能而逐漸荒廢頹圮。臺灣光復以後，海山館舊址改建民宅，屬於張長庚所有，而原來供奉的媽祖神像移至文朱殿，廟前一對蝙蝠石柱也移到妙壽宮，成為前殿的龍柱。直到民國六十四年乙卯，臺南市政府為了慶祝「臺南觀光年」，特別議購這一座民宅，加以保存，並規劃為「安平鄉土館」，展示安平地區鄉土史料，以供國人追本溯源。確實興建年代已不可考，約在清康熙23年（1684年）後。亦稱「海壇館」，為福建海壇鎮標班兵所建，班兵以原駐地「海山」為名，用來恭奉家鄉神祉及聯絡聚會之用。
當時之兵建廟館有五：提標館、烽火館、海山館、閩安館、金門館，這五座兵建廟館，合稱為「安平五館」。主祀媽祖，戰後五館均圯毀無存，海山館遺址現有民房係安平聞人張金聲所改建，為三合院宅第，廟前一對蝙蝠柱也移至妙壽宮,，民國74年（1985年）台南市政府收購後，規劃為「安平鄉土館」，展示安平鄉土資料。