乾隆五十一年冬，台中地方移民中最有影響力的領袖人物林爽文聚眾反叛，在大里﹝今之台中縣大里市﹞起事。短短一個月內破大墩、彰化城、諸羅、斗六門、南投等地。未幾，南路莊大田亦攻鳳山縣，南北兩路會師合攻台南城，至此戰火遍及全台、府城告急。於是乾隆五十二年正月四日清廷派水師提督黃仕簡，率兵由金門抵鹿耳門，四月六日陸路提督任承恩，率兵由興化抵鹿港，再命總督常青督師來援，但均未能奏功，情況由劣勢轉為危急，震動清廷。八月初乾隆皇帝降旨，詔命其最親信之滿州鑲黃旗人協辦大學士陝甘總督嘉勇公福康安為大將軍率領巴圖魯侍衛數百員及十萬大軍，戰船數百艘於十月二十八日由福建崇武澳出發,，海途中忽遇颶風侵襲海浪波濤洶湧，全軍譁然，福康安亦失色，於是虔禱聖母，果得庇佑，一時風平浪靜，十一月初一日大軍安然抵鹿仔港,，一時港口檣桅如櫛，連接數里之遙，軍威大振，十一月初四日開始進軍，兵臨諸羅數縣所向無敵，福康安默知有此奇蹟，乃聖母神助，於是上奏天子，是年臘月奉詔撥賜國帑擇地敕建天后宮以奉祀，並委任候補知府德明額督工興建，自此清軍連戰連捷，勢如破竹，十二月征剿北路，至五十三年二月初五日南北兩路戰事均告平息，其間祇不過三月餘，同年德明額受將軍委任督建之天后宮,新祖宮 ，其一切工程皆與文武各官及紳耆、董事人等同襄厥事，於丁未臘月之吉，砌基豎樑，戊申五月廟貌告成，蒙賜國帑金一萬一千餘圓，未敷之數四千八百圓由總董事林振嵩輸誠勉力，六月間奉像入廟，乾隆皇帝加封本宮聖母為「護國庇民妙靈昭應宏仁普濟福佑群生誠感咸孚顯神贊順天后」，其位尊至高凌駕於其他各地媽祖廟之上。