锰矿石中因伴生有钴、镍及其他稀有金属，一般含量大于0.01%时，依目前的条件，可考虑进行综合回收。以下简要介绍锰矿石中有害杂质对冶炼的影响：
(1)硫。常以黄铁矿及硫锰矿、褐铁锰矿等形式产出。硫是冶炼锰时的有害杂质，但在冶炼过程中，硫和锰容易生成硫化锰进入炉渣，因此要求不严。
(2)磷。常以磷灰石和胶磷矿形式产出。磷是锰冶炼中的有害元素，它会引起合金钢的冷脆性，降低钢的韧性。对于矿石中的含鳞要求，一种是按矿石的总磷含量来要求，一种是按磷锰比来要求。一般矿石中每1%的锰，磷含量不超过0.003%-0.005%（0.003%适用于锰铁，0.005适用于硅锰）。
(3)二氧化硅。矿石中SiO2含量越低越好，可以降低熔剂用量。冶炼锰铁时要求SiO2不超过10.25%，但炼硅锰合金时，矿石中允许含较高的SiO2，一般Mn:SiO2=o.8-1.2，含量可达35%。
(4)三氧化二铝。在冶炼锰铁时，在一定条件下，可以降低锰的损失。但含量过高会使排渣困难，一般要求不大于5%-10%。
(5)铜、铅、锌。锰矿中有时含铜、铅和锌，冶炼时铜还原进入合金。锌进入炉渣或挥发出去，铅泥入炉底，破坏炉衬。