南路进攻的成吉思汗大军遇到了流亡的花剌子模

南路进攻的成吉思汗大军，遇到了流亡的花剌子模王子札兰丁（此时已即位为国王）的强烈抵抗。札兰丁在阿富汗和伊朗地区集结了阿拉伯地区的大量支持，但成吉思汗将其击溃后，用兵将他逼入印度，撤军回到了草原。

在萨马拉河谷损失了近万名精锐的成吉思汗，回到蒙古后开始不得不思考其身后大事。长子朮赤和次子察合台虽然都是猛将，但脾气不和，经常因为战利品而争夺。三子窝阔台气性温厚，但缺乏霸气。小儿子托雷最得成吉思汗喜爱，但年纪尚幼，不能理事。
而按照蒙古贵族的传统，末子继承家业，其余的兄长需要分家出去另起家业。蒙古帝国并不担心其继承人的人选，反而是几个大儿子的封地，不得不好好考虑。而这一次考虑，也就决定了蒙古帝国的统一注定短暂。（@张旭 这是为了回答你的评论。）
成 吉思汗为了防止朮赤和察合台再起矛盾，将俄罗斯西伯利亚以西的所有土地封给朮赤（尽管此时尚未打下来...），而将中亚的广阔平原赐予察合台，三子窝阔台 受封准噶尔和蒙古草原，并且约定待成吉思汗过世后将蒙古草原还给托雷（此处无疑是伏笔）。而这也就是后来所谓“蒙古帝国短命”的原因：蒙古从一开始就没想过统一，而是按照家族来划分地盘，就像他们在蒙古草原上做过的一样。

长子朮赤获封的土地后被称为金帐汗国，因为其长子的地位使其能够使用金色作为帐篷的颜色。这一国家维持了约250年的统治，而势力一直维持到了1783年。
次子察合台的封地被称为察合台汗国，统治中亚460年，这在世界史上也属于相当长命的王朝了，可见蒙古帝国并不短命。最后灭于准噶尔汗，而准噶尔汗则在100年后被康熙所灭。
窝阔台所封为窝阔台汗国，1305年被元朝和察合台汗国平分。之所以能够被平分，其间颇多戏剧性。

托雷未继汗位便英年早逝。很多传说中谈到，因为窝阔台担心托雷势力日益壮大，会夺取自己托管的蒙古草原，而且成吉思汗给自己留的封地实在太小（仅今日新疆的一部分），于是用酒毒死了灭金胜利回朝的托雷，自己霸占了蒙古草原。
托雷已死，于是窝阔台便收养了已成年的托雷长子蒙哥，并承诺按照嫡子的规矩，给蒙哥分封一份家业。而且因为窝阔台的三名嫡子 贵由，阔端 和 阔出 都比蒙哥岁数小，因此蒙古帝国的皇位，仍将保留在窝阔台家。
贵由和蒙哥参加第二次西征时，窝阔台急死。贵由回国参加选位大会，因为阔出之前意外死于军中，其竞争者是窝阔台三子阔出的儿子失烈门。而贵由生母乃马真后已先行控制朝廷，于是贵由顺利即位。
然 而贵由酗酒成性，即位后仅仅几年便死去，其弟阔端，其母乃马真后也先后去世，于是王位再一次空闲。此时长子朮赤家族的族长拔都出面，声讨了窝阔台-贵由一 家霸占蒙古草原，漠视成吉思汗遗诏的恶行，提议将托雷的长子蒙哥推为蒙古大汗，并且联合蒙哥的母亲唆鲁禾帖尼一起做掉了贵由的遗孀海迷失。
于是蒙古大汗的王位，从窝阔台家族手中又传回了托雷家族，而窝阔台一家势力尽丧。窝阔台的封地被相邻的两兄弟察合台和托雷家族平分。