搭建Genome Browser的时候,需要MYSQLLIBS的环境变量,而这个环境变量需要libmysqlclient.a这个静态函数库,但是,openSUSE的服务器上安装了MySQL 5.1,当时是用RPM装的,没有找到libmysqlclient.a这个库
没有办法,只好卸载掉了,编译安装。
卸载如下
shell>rpm -e --allmatches --nodeps pack
这是单条指令卸载,当然可以做一个批处理的.sh文件
比如
shell>rpm -qa | grep mysql > a
这样 文件a 中就保存有关于mysql的所有安装rpm包
比如
A
B
C
这样的格式
这时候,用vim a 打开该文件
使用:%s/^/rpm -e --nodeps --allmatches /g
就会在每行头部加上rpm -e --nodeps --allmatches
即文件变为如下:
rpm -e --nodeps --allmatches A
rpm -e --nodeps --allmatches B
rpm -e --nodeps --allmatches C
:w a.sh
则有a.sh
shell>chmod +x a.sh
shell>./a.sh
就可以批量卸载所有的包。
卸载之后,重新安装mysql5.1
到dev.mysql.com下载MySQL 5.1的源码文件 .tar.gz
解压之后,
shell>./configure --prefix=/home/bin --exec-prefix=/home/bin2 --datadir=/home/data
shell>make
shell>make install
安装之后,到/home/bin2/lib/mysql下发现存在libmysqlclient.a
shell>groupadd mysql
shell>useradd -r -g mysql mysql
然后到/home/bin2/bin下,有
shell>./mysql_install_db --user=mysql
配置了用户,将mysql 设为服务开机自启动
/home/data/mysql/下有mysql.server文件
shell>cp mysql.server /etc/init.d/mysql
然后就可以
shell>service mysql start|stop|restart
了,最后设置密码
/home/bin2/bin/mysql下
shell>./mysqladmin -u root password 'noncode'
然后将/home/bin2/bin加入PATH下,即
shell>echo 'home/bin2/bin' >> ~/.bashrc
最后,由于有些程序需要libmysqlclient.so的动态链接库,将/home/bin2/lib/mysql加入/etc/ld.so.conf
shell>echo /home/bin2/lib/mysql >> /etc/ld.so.conf
shell>ldconfig
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