从历史渊源上讲,FreeBSD继承了BSD Unix的代码,因此代码相当成熟和稳定。而Linux是一个全新的系统,是遵循POSIX规范开发的一个独立操作系统,但又提供了与BSD Unix或Unix System V的兼容性。因此Linux完全没有受到1992年的AT&T诉讼的影响,结果成为了最流行的自由操作系统。虽然今天那次法律纠纷已经解决,4.4BSD Lite的代码可以自由获得,但FreeBSD的使用者仍要少于Lin ux的使用者,FreeBSD的使用者多数为网络和计算机专业人士,普及程度较低。
出于这个历史渊源的原因,FreeBSD是一个完整的系统,从系统核心到系统提供的程序均来自BSD Uni x,部分GNU软件是用于代替BSD Unix中的一些老版本软件。而Linux仅仅只是一个操作系统的内核,其应用程序大部分为GNU软件,然后由不同的组织或个人将这些GNU软件与Linux内核整合在一起的。因此就存在多个不同的Linux版本,而且不同的Linux版本使用不同的组合方式,因此各种Linux版本之间有很大的差异,并且可以预计这些版本会随着发展进一步增大彼此的差异。而FreeBSD的版本比较整齐清晰,只有一个FreeBSD版本。