HPC集群管理规范

1.登录集群方法：ssh 0 ;

2.使用完毕后使用 exit命令安全退出，不建议直接关闭终端窗口，及不建议使用Ctrl＋D退出。

3. 作业、队列投放与管理
3.1 用户数据存放在个人工作目录下，属主目录的数据不予保护；
3.2 任务脚本中写明资源要求（内存），没有注明资源要求的，将按照默认资源设置运行，出现运行错误由个人负责；
3.3 用户投放任务请务必使用SGE作业调度系统，在登录节点投放任务，如有特殊要求联系系统组，默认情况下发现非SGE任务一律无条件终止；
4.4 禁止用户在管理节点运行任务，如若发现，一律无条件终止，出现3次这种情况，将取消帐号；
3.5 禁止用户直接登入计算节点运行任务，如若发现，一律无条件退出；
3.6 大内存队列 mem.q(<120G)及超大内存队列supermem.q（120G supermem.q 使用方法：qsub –cwd –l vf=** -q supermem.q –P supermem **.sh；
3.7 在跑多进/线程（如iproscan/tRNAscan等）任务的时候，请添加cpu使用核数参数num_proc，避免因自己使用过多cpu而影响其它人的任务的情况发生。
使用方法：qsub -cwd -l vf=**G, -l p=**, -q ** **.sh

4. 软件使用
4.1 生物信息公共软件安装在/share/raid1/genome/下,用户可直接输入命令使用；
4.2 自产软件安装在/share/raid1/self-software下，使用信息发布在论坛的编程园地板块，用户可直接输入命令使用。

附件 SGE常用命令及参数qhost

显示Sun Grid Engine主机、队列、作业的状态。