freebsd将文件保存在磁盘等存储设备上，由操作系统来具体处理访问硬件设备的问题，用户只需要面对操作系统，就能进行具体的文件操作。操作系统首先将用于存储的设备进行格式化之后，该设备才能用于存储文件，这个设备可以是软盘，可以是一个硬盘分区，或者其他允许随机存取的块设备存储介质。在unix上将格式化后的存储设备统称为文件系统，格式化的过程称为创建文件系统。（由于磁带是一种顺序存取的设备，因此在磁带上不能创建文件系统。）
对于不同介质、不同的操作系统对磁盘进行格式化和管理的方式也不同，这样就形成了不同类型的文件系统。但操作系统给用户提供了一种标准的通用存取方式，这样在存取文件时就不需要考虑是在对哪种文件系统进行操作。但是不同的文件系统仍然有一些差异，例如光盘文件系统是只读介质，还有一些文件系统并非为unix系统而设计的，因此文件名、文件属性等标准就与unix不同，freebsd在访问这些文件系统时尽量转换这些差别，补充这些文件系统没有、但unix 标准文件系统需要的属性。这样这些文件系统就与标准文件系统看起来完全相同，只是某些操作受文件系统本身的物理限制，例如企图将光盘上文件加上写属性，显然无法完成。freebsd支持多种文件系统，其中最常见的有：
ufs文件系统：是freebsd上的标准文件系统，它实现了所有的标准文件属性，如文件属主和组、存取权限等属性。
cd9660文件系统：支持iso 9660格式的cd-rom，这种格式只支持8位基本长度3位扩展长度、不区分大小写的文件名，但freebsd支持它的rock ridge扩展，使其能使用unix风格的长文件名。
nfs文件系统：网络文件系统，通过它unix能在网络上共享文件系统。
msdos文件系统：dos和windows使用的fat文件系统，基本上是使用8.3的文件名，windows95 之后扩展了文件名的长度，但仍然不区分大小写。freebsd支持windows95的长文件名扩展和fat 32格式的分区。
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