简单来说：Program Files (x86)存放了一些32位的系统文件。它和正常的Program Files以及Windows文件夹一样，都属于系统文件夹，请勿随意改动。
64位Windows中提供了一种技术，Windows on Windows 64(即WoW64)。它可以使32位的应用程序正常地运行在64位的Windows中，这样用户在从32位到64位过渡的过程中，不会感受到很大的不便。为了能让32位的程序正常运行，64位的Windows中自带了一大部分的32位的系统文件，当32位程序运行的时候，系统会给它虚拟出一个32位的环境，这样32位程序会以为自己运行在32位Windows中。Windows的系统文件主要是存放在%SystemDrive%\Program Files和%Windir%\System32中（即通常的C:\Program Files和C:\Windows\System32)。64位系统中，这两个文件夹存放的是64位的系统文件，为了存放32位的同名系统文件，64位系统中有另外两个文件夹与之对应，%SystemDrive%\Program Files (86)和%Windir%\SysWoW64（即通常的C:\Program Files (86)和C:\Windows\SysWoW64)。
当32位程序需要访问Program Files或者System32中的文件时，系统会自动转向到Program Files (x86)或者SysWoW64中，这样32位的程序就可以正常的在64位Windows中运行了。类似的情况也发生在应用程序安装的时候，64位的程序一般都会被安装到Program Files中，而32位的程序则是装在Program Files (x86)中。
从64位系统的角度来说，WoW64只是提供了兼容32位程序的方法，而系统本身则完全是64位的，所以把Program Files (x86)和SysWoW64这两个文件夹删除，并不会影响系统的正常运行，但是这种做法是非常不推荐的。现在64位应用程序的普及率并不高，很多厂商不愿意在64位方面投入大量精力，比如常用的聊天工具和多媒体播放工具等。在实际使用过程中，很难避免使用32位的应用程序，所以还是把WoW64留着吧。
另外补充一些常见问题： 为什么C盘和D盘下都有Program Files (x86)？ Program Files、 Program Files (x86)和Windows文件夹通常都存在于同一个盘（分区）中，如果某个盘下面只有Program Files而没有Windows的话，则它不是系统文件夹，删除后不影响系统运行，当然有可能会影响某些软件。
在命令行（DOS）下如何进行Program Files (x86)文件夹 现代的Windows都支持长文件名了，可以直接CD “Program Files”或者CD “Program Files (x86)”，注意加引号。 如果你是在原古的DOS环境下，文件（夹）名称只能有8个字符那么长，而Program Files显然是多于8个字符了，它会被自动缩写成如“progra~1”的形式，在C盘下运行CD progra~1命令可以进行Program Files，或者CD progra~2进入Program Files (x86)。
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作者：witnessai1
来源：CSDN
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