NEB的POSCAR处理

好主意，先支持一个
官方ftp上的interpolatePOSCAR
script功能简介：将两个POSCAR线性插值得到n个POSCAR用于NEB计算
script:
#
# interpolate two POSCAR files
# POSCAR files must be concated before passing them to 
# this awk script
# first line of the first POSCAR file should be
# rep number_of_replicase
# if there is any line containing the term center
# differences in the center of mass will be removed
# 
file=$1
if [ ! -x $file ]
then
  usage: interpolatePOS POSCAR1_POSCAR2
fi

awk <$file '
BEGIN { rep=10; center=0 }
/center/ { center=1} 
/rep/ { rep=$2 }
 { line=line+1
   if ( second != 1 ) {
       if ( line == 6 )  {
          lines = $1 + $2 + $3 + 7
          print "found ",lines," ions"
          head[line] = $0
       } else if ( line < 8 ) 
          head[line] = $0
       else 
          { 
             x[line-7] = $1 ; y[line-7] = $2 ; z[line-7] = $3 
             if (line==lines) {
                   line=0; second=1; 
                   print "first set read"
             } 
          }
    } else {
       if ( line >= 8 ) 
          { 
              x2[line-7] = $1; y2[line-7] = $2 ; z2[line-7] = $3  }
             if (line==lines) {
                   print "second set read"
             } 
    }
}
END  {
   lines=lines-7
   for ( line=1; line<=lines ; line ++ )  {
        cx1=cx1+ x[line] ; cy1=cy1+ y[line] ; cz1=cz1+ z[line]
        cx2=cx2+ x2[line]; cy2=cy2+ y2[line]; cz2=cz2+ z2[line]
   }
   if (center) {
     cx=(cx2-cx1)/lines
     cy=(cy2-cy1)/lines
     cz=(cz2-cz1)/lines
     print "center of mass for second cell will be shifted by",cx,cy,cz
   }

   for ( i=0; i       file="0" i "/POSCAR" 
       print "writing to " file
       for (line=1; line<=7 ; line++ )
          print head[line]  >file
       for ( line=1; line<=lines ; line ++ )  {
          b=i/(rep-1)
          a=(rep-1-i)/(rep-1)
          dx=a*x[line] + b*(x2[line]-cx)
          dy=a*y[line] + b*(y2[line]-cy)
          dz=a*z[line] + b*(z2[line]-cz)

          printf " %10.6f  %10.6f %10.6f\n",dx,dy,dz >file
       }
   }
}'
script用法：./interpolatePOSCAR [file]
interpolatePOSCAR 为script的文件名，file为要处理的POSCAR
第一行写成rep n的格式，把要插值的两个POSCAR文件写到一个file里面
注意要建一些目录00 01 02 ...0n，否则会出错


PS：我的fedroa5.0运行不成功，不过我的ubuntu9。04运行成功了。开心阿。