100长度的基因切片（上下切片间重叠20长度）

A.把序列切割成等长且有一定重叠的小段，放在一个FASTA格式的文件中。
B.拆分好的序列名字为原来的序列名字加位置信息（在原来序列上的起始和终止位置），如原来的序列名为E.coli,新的就是E.coli_1-100、E.coli_81-180、......

#use Acme::PerlTidy;
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
my $len = '100';
my $offset = '20';
my $in = Bio::SeqIO->new( -format => 'fasta', -file => 'example.fa' );
my $out = Bio::SeqIO->new( -format => 'fasta', -file => '>>out.fa' );
while ( my $seq = $in->next_seq ) {
    my $desc_seq = $seq->desc();
    my ( $str1, $str2 ) = ( split( '\s', $desc_seq ) )[ 0, 1 ];
    my $desc_tem = substr( $str1, 0, 1 ) . '.' . $str2;
    my $len_seq = $seq->length();
    my ($end,$i) = ('0','0');
    while ( $end < $len_seq ) {
        $i++;
        my $start =
          ( $i > 1 ) ? $len * ( $i - 1 ) + 1 - $offset * ( $i - 1 ) : 1;
        my $end_tem = $start + $len - 1;
        $end = ( $end_tem < $len_seq ) ? $end_tem : $len_seq;
        my $desc = $desc_tem . '_' . $start . '-' . $end;
        my $seqstr = Bio::Seq->new(
            -display_id => $desc,

            #-desc=>$desc_seq,
            -seq => $seq->subseq( $start, $end )
        );

        $out->write_seq($seqstr);
    }
}

example.fa: example.rar