四核英特尔至强联想服务器助力上海交大

    一、项目背景

    上海交通大学生命科学技术学院是在原生物科学与技术系和生物医学工程教研室的基础上，由上海交通大学与中国科学院上海分院于1997年2月联合建立的。生命学科经过在交大二十余年的发展，在国内外已具有一定的影响，学院目前设有生物科学与技术系、生物工程系、生物医学工程系、生态与环境工程系和BIO-X生命科学研究中心及生物医学仪器研究所。

    近年来，生命科学技术学院从学校 “985工程”、“211工程”建设项目中获得重点资助。在学校的重点建设下，生命学院在学科建设、科研、教学诸方面都取得了大的进展，相继承担了国家“十五”攻关、“973”、“863” 、国家自然科学基金重大项目和上海市的一批重大项目，获得了国家自然科学奖、国家级教学成果奖、教育部科技进步奖、上海市科技进步奖等多个奖项，产生了一批国内外瞩目的科研成果，并在国际权威科学杂志发表论文多篇。 

    二、应用需求分析

    随着生物信息学的发展以及多种生物信息软件的出现,上海交大生命科学技术学院的专家学者开始越来越多的利用计算机来进辅助日常科研工作。上海交通大学生命科学技术学院使用的生物学软件，主要有BLAST（在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具）、EMBOSS（欧洲分子生物学开放软件包）、Gromacs（分子动力学模拟软件）和DOCK（分子对接软件，利用虚拟的方法对化学分子库进行筛选）等等，目前主要是运行在PC机和普通工作站上，计算速度慢，运行效能低，已经不能满足科研工作的需要。

    因此，生命科学技术学院计划采购一套完整的高性能，以及完整的硬件、软件系统解决方案，并要求高性能具有很高的可靠性和性能价格比。在经过与多个厂商接触后，通过公开招标的方式，客户最终选择了联想深腾1800机群服务器。

   联想服务器为生命科学技术学院客户提供了完整的生命科学领域的报告，量身设计了完整的系统解决方案，详细介绍了联想在生命科学领域的成功案例，组织参观了联想深腾高性能服务器在上海地区的成功应用，最终赢得了客户的信赖和支持。

    方案设计

    根据上海交通大学生命科学技术学院的需求情况，联想提出了包括硬件、软件和技术服务在内的整体系统解决方案。

    本方案所定制的深腾1800机群中，联想万全服务器支持全新四核英特尔®至强®处理器5300系列，相比前一代英特尔至强处理器，同等能耗下将性能提升最高可达50% ”。在1U高度机架空间内安装Quad Core（4核）×Dual Processor（2CPU）共计8个CPU内核，为用户提供了极高密度的科学计算能力。

    方案特点：

    ●高性能：高性能的计算结点是提升机群计算能力的重要因素，联想万全R510 G6支持配置两颗IntelXeon Clovertown处理器，每颗CPU集成2*4MB二级缓存；支持Fully Buffer DIMM 533/667内存，容量更大，主频更高；

    ●高可靠性：管理结点R520 G6，结点R350 G6，全部配置RAID冗余磁盘，保证用户数据可靠；联想的机柜系统、机架式服务器结点，均经过散热优化设计，既能保证系统的稳定运行，又可有效节约系统耗电量；

    ●标准、开放的机群架构：本系统设计方案，遵循业界通用的并行计算机群设计标准，可以与其它任何厂商的标准部件互联互通；

    ●易管理：机群系统软件是机群服务器的关键部件，采用联想自主研发的机群管理系统LCMS，可以像管理一台服务器一样管理机群的资源；机群资源管理系统LJRS可以对计算结点动态划分逻辑池，结点池划分通过软件设置实现，方便管理使用机群的计算资源。

    产品配置

    总计

    12个计算结点+1个胖结点+管理结点+结点，共计116个CPU内核，附带完备的基础架构。

    用户收益

    联想此次除了提供给客户机群服务器硬件、软件和质保服务外，还应用户的要求提供该研究领域典型应用软件的测试、移植和安装配置支持服务。

    联想深腾1800机群服务器在上海交大的应用，可以平滑移植用户在生命科学领域的应用软件，大大缩短该院生命科学模拟计算的运算时间，极大提升客户的科研工作效率，并增大模拟模型的计算规模，进一步增强上海交通大学生命科学技术学院的综合科研实力。 

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