1. 选择一个嵌入的web 和 数据库。
web我选择的是jetty，虽然tomcat也有类似的嵌入版本，但是体积和性能都还是有点差距。 如果你的应用使用了大量的ajax效果，建议选择6的版本，对并发支持更好。
数据库方面我原来用的是sql，现在可以选择h2. 两者的sql 兼容性都比较好，扩展功能也比较强。如果原来的应用在mysql上进行开发，则基本不用做修改， h2现在有mysql兼容模式，如果原来应用使用的是db2或者oracle，则你可能需要把一些函数和过程改用java实现，h2提供了这方面的支持。 数据问题方面也不用担心，h2目前比较成熟了，而且最大可以提供256g的文件支持。我做过一些，关机，死机，都还可以恢复的比较好。
h2的一个特性是支持只读数据库，所以你也可以选择将数据库备份成zip文件以后，以光盘的方式发布应用，很适合做大量分发的演示光盘，比较酷吧。
jetty+h2的组合占用系统资源非常少，而且速度极快， 在我成功移植以后，我的一个同事吃惊的发现速度要比原来的online版本提高了很多。一般用户几乎感觉不到在线操作的那种停顿。
java6自带的那个java数据库就不要考虑了，速度慢，体积大，兼容问题多多。
2. 使用JDIC或者java6提供的一些native特性和桌面进行整合
主要使用诸如系统托盘来提供一些控制操作和辅助功能， 打开浏览器或者将浏览器嵌入到swing应用等等。我的做法是将浏览器嵌入到swing应用中，并做了一些小手脚，保证用户不能使用浏览器直接访问，这样看起来更，更象桌面应用。
java6在这些方面有比较好的支持，6以前的版本可以使用JDIC，反正都是一回事。 另外可以选择jgoodie之类的扩展包，让你的桌面看起来更骚包一些。
当然，使用6的话启动要快一些，特别是重复启动的时候，java6还有的一个特性是splash的支持， 这样在启动的时候可以自然一些。
3. 对配置文件进行适当精简，使用混淆工具编译关键包
发布到桌面以后就意味着受攻击指数增加了，增加适当的防范也是必要的，此处如果不怕麻烦，可以使用gcj来编译。
4. 将执行包编译成exe文件， 使用安装工具打包
把java启动类编译成可执行文件的工具很多，我经过比较，使用的是launch4j，主要是支持的特性多一些，对也提供支持。
然后再把jre和应用整理规划好目录，使用安装工具打包， 我选择的是nsis， 也是免费的东西， nisi如果不想深入研究的话，建议找supertoy开发的一个脚本生成向导工具，很好用。
5. 其他
* 需要考虑数据的备份和操作， 我一般使用dbunit来干这个事， 因为导出导入都可以是完整的xml文件，比较方便。
* 如果要制作光盘版本，再配置一个auto run 就可以自动启动了。
* 要防止应用多次启动， 实现思路有2种，一个是使用一个端口来检测， 另外一个就是使用文件锁。 我使用的是后者，盗用了hsql的部分代码。
基本思路很简单，工作量也不大， 呵呵，反正当初用户是看不出来这是java 做得，还误以为我们是用delphi之类重新开发的。
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