在dos-windows体系中，每个磁盘或硬盘分区有独立的根目录，并且用唯一的驱动器标识符表示，如A:，C:等。
而linux的文件系统则不一样，它采用了一种虚拟文件系统技术，使不同的磁盘和分区组合成一个整体。单个磁盘或硬盘分区构成单独的文件系统（可以是fat、NTFS等等格式的），有其各自的目录树结构。但是，在操作系统能够使用这些文件系统之前，必须通过称为“挂装”的操作将单独的文件系统附加到虚拟文件系统的某一个子目录上——也就是说这个子目录就是实际文件系统的根，通过访问这个子目录来访问该分区或磁盘。如此操作，最终可使所有的文件系统结合成一个无缝的统一整体，组织到一个大的树型目录结构中。该目录树的顶部是一个单独的根目录，名为root，用/表示。根目录下是一些标准的子目录和文件。
在文件系统模型中，仍然体现了linux的设计哲学，即将不同的文件系统组合成一个有机的整体，进而为用户提供一致的文件系统结构。
对大多数Linux发行版本而言，文件系统的目录树布局遵循FSSTND标准，这有利于编写或移植软件，同时也有利于进行系统管理和维护。
完整的目录树可划分为小的部分，这些小部分又可以单独的存放在自己的磁盘或者分区上。这样相对稳定的部分和经常变化的部分可以单独放在不同的分区里，从而方便了备份和系统管理。目录树的主要部分有root（/）、/usr、/var、/home等等。
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