接受协议条款之后开始设置分区。分区的目的是在硬盘上为系统分配一个或几个确定的位置，Linux系统支持多分区结构，每一部分可以存放在不同的磁盘或分区上。一般情况下，安装RedFlagLinuxDesktop5.0需要一个根文件系统分区（类型为ext3、ext2或reiserfs）和一个交换分区（类型为swap），这种分区方案适用于大多数用户。如果系统的用户数目较多，可以专门为这些用户建立一个独立的文件系统，如/home；如果需要有一个固定的数据存放区，也可以为它分配一个独立的硬盘分区，比如建立一个/data分区。
这里我们选择手动分区，添加好一个8G的根分区(ext3格式)和一个交换分区，交换分区的大小根据您的内存配置而定，一般稍大于内存容量即可。这样的分区设置对于一般用户已经足够了，即使将来感到磁盘空间紧张，还可以继续添加新的分区。选择下一步并确认进行分区格式化。然后开始配置GRUB。
GRUB（GRandUnifiedBootloader）是RedFlagLinuxDesktop5.0的引导装载程序，它支持RedFlagLinuxDesktop5.0与多种操作系统共存，可以在多个系统共存时选择引导哪个系统，例如：Linux、Solaris、OS/2、Windows9x/2000/NT等。如果电脑中没有别的Linux操作系统，最好将GRUB安装到MBR（主引导记录）区，这样能保证你机器上的Window系统与Linux系统都能正常引导。因为Windows的引导程序并不会检测到Linux系统。
如果安装程序检测到了主机中的网卡类型，就会显示网络配置界面。设备列表中将会显示出已经检测到的网络设备，对于每个设备，可以点击编辑按钮对IP地址，子网掩码等进行设置。当然你也可以选择略过直接到下一步，设置root密码。Linux操作系统中，root是系统管理员，可以对系统进行任意地操作。因此，root口令是决定系统安全性的重要参数，对其保密性要求很高，密码必须至少包括6个字符，并且区分大小写。
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