做多序列比对,比较常用的是CLUSTALW和T-coffee,这里还有一个叫做muscle(multiple sequence
comparison by
log-expectation)的多序列比对软件,它的平均精度和速度要超过CLUSTALW和T-coffee,具体的算法和用法请参阅其主页
()上的文档,下面简单介绍一下它的安装和简单用法:
安装:
下载源码:
解压:tar xvf muscle3.7_src.tar.gz
命令行下:make 回车
将生成一个muscle的可执行文件,这就是muscle,将他放在/usr/bin或者/usr/local/bin等文件夹里面,或做成软连接都可以。
使用:
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa
更常用的是:
muscle -in seqs.fa -clwout seqs.aln
这将生成与CLUSTALW一样的结果文件。
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