Chinaunix首页 | 论坛 | 博客
  • 博客访问: 40737
  • 博文数量: 14
  • 博客积分: 770
  • 博客等级: 军士长
  • 技术积分: 200
  • 用 户 组: 普通用户
  • 注册时间: 2008-03-30 09:35
文章分类

全部博文(14)

文章存档

2011年(1)

2008年(13)

我的朋友

分类: LINUX

2008-04-21 21:35:12

做多序列比对,比较常用的是CLUSTALW和T-coffee,这里还有一个叫做muscle(multiple sequence comparison by log-expectation)的多序列比对软件,它的平均精度和速度要超过CLUSTALW和T-coffee,具体的算法和用法请参阅其主页 ()上的文档,下面简单介绍一下它的安装和简单用法:

安装:
下载源码:
解压:tar xvf muscle3.7_src.tar.gz
命令行下:make 回车
将生成一个muscle的可执行文件,这就是muscle,将他放在/usr/bin或者/usr/local/bin等文件夹里面,或做成软连接都可以。

使用:
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa
更常用的是:
muscle -in seqs.fa -clwout seqs.aln
这将生成与CLUSTALW一样的结果文件。
阅读(1506) | 评论(0) | 转发(0) |
给主人留下些什么吧!~~