cygwin有一套很完善的UNIX模拟环境，很多UNIX下的软件可以直接在它下面编译并运行。它的目标是在Windows下建立一套完美的UNIX模拟环境，使UNIX下的程序不必经过太多修改就可以运行在Windows下。
MinGW仅仅是一套可以在Windows下运行GNU开发环境。它的目标是建立一套直接在Windows下运行的GNU开发平台。它所编译的可执行程序可以直接运行在Windows下，使用微软的C Rutime Library—MSVCRT（70）。与之不同的是Cygwin编译出的可执行程序必须要有Cygwin的模拟环境（Cygwin1.dll）才能运行，它有自己的一套C Rutime Library。
所以，Cygwin相对来说有更多的可用免费资源,就连KDE也可以直接在Cygwin下运行。
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