c/c++项目如何管理头文件

最近的项目一直在讨论如何管理头文件，原项目使用Visual Studio开发，源文件中对头文件的引用比较乱，有很多类似于"../../include/header.h"的头文件引用。现在要移植到类UNIX平台，头文件的引用管理问题也逐渐显露出来。
IDE的使用一方面简化了我们的开发工作，另一方面也让我们丧失了对某些领域的控制，或者说让我们疏忽了对某些领域的控制感，不知不觉我们就按照IDE的默认方式做了，甚至转而适应IDE的默认方式。这就如同猎人转而耕作农田，农民转向城市打工，都逐渐丢失掉原应持有的生存本领。也许这就是社会和技术进步的负面影响吧！
看到问题之后，我们找一个参照物，看看到底怎么清晰地管理头文件（也许每个人都知道，但没有几个人这样做，或者没时间这样做）。
有一个开源项目叫做asterisk(很有名，google一下就看到了)，它在项目中有一个include/文件夹，下面有一个asterisk.h文件和一个asterisk子文件夹，这个asterisk子文件夹包含了所有其他源文件需要引用的公共头文件。而模块内不想暴露在外的头文件则放置在和模块源文件相同的路径。因此源文件引用头文件的方式就是下面这个样了：
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/*公共头文件*/
#include "asterisk.h"

ASTERISK_FILE_VERSION(__FILE__, "$Revision: 366408 $")
/*系统头文件*/
#include 
#include 
#include 
#include 
#include 
#include 
#include 
#ifdef HAVE_LINUX_COMPILER_H
#include 
#endif
#include 
/* Still use some IXJ specific stuff */
#include 
#include 

/*公共头文件*/
#include "asterisk/lock.h"
#include "asterisk/channel.h"
#include "asterisk/config.h"
#include "asterisk/module.h"
#include "asterisk/pbx.h"
#include "asterisk/utils.h"
#include "asterisk/callerid.h"
#include "asterisk/causes.h"
#include "asterisk/stringfields.h"
#include "asterisk/musiconhold.h"

/*模块内头文件*/
#include "chan_phone.h"
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例子就在这里，多余的话不说了。