SGE并行环境设置

1. 添加pe

qconf -ap openmp


则会看到：

pe_name            openmp

slots              0

user_lists         NONE

xuser_lists        NONE

start_proc_args    /bin/true

stop_proc_args     /bin/true

allocation_rule    $pe_slots

control_slaves     FALSE

job_is_first_task  TRUE

urgency_slots      min

accounting_summary FALSE

修改参数：

pe_name            openmp

slots               1000

user_lists          NONE

xuser_lists         NONE

start_proc_args    /bin/true $pe_slots

stop_proc_args     /bin/true

allocation_rule    $round_robin

control_slaves     TRUE

job_is_first_task  FALSE

urgency_slots      min

accounting_summary FALSE

然后保存。


也可先将他们保存在一个文件中，然后用qconf –Ap filename来添加新的pe环境。另外还可以通过qmon命令。从图形界面进行添加。


qconf –mp pename和 qconf –Mp pename可以用来更改pe的设置。

2. 在queue中加入这个pe环境

虽然添加了并行环境，但是此时通过这个并行环境提交的任务并不能被执行。必须将这个pe环境加入到相应的queue中，任务才能被分配到这个queue，进而被执行。
例如要在all.q中加入这个pe环境
qconf –mq all.q

则会看到

qname                 all.q

hostlist              @allhosts

seq_no                0

load_thresholds       np_load_avg=1.75

suspend_thresholds    NONE

nsuspend              1

suspend_interval      00:05:00

priority              0

min_cpu_interval      00:05:00

processors            UNDEFINED

qtype                 BATCH INTERACTIVE

ckpt_list             NONE

pe_list               make

rerun                 FALSE

slots                 1,[node3=8],[node1=8],[node2=8],[node4=8],[node5=8]......

tmpdir                /tmp

shell                 /bin/csh

prolog                NONE

epilog                NONE

shell_start_mode      posix_compliant

starter_method        NONE

在列出的参数中修改pe_list参数，加入新建的pe环境的名字
如：pe_list               openmp make
表示openmp和make这两个pe环境的任务可以分配到这个队列中
接下来就可以通过这个pe来提交任务了，如：qsub –pe openmp 16 test_openMp.sh