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YGC's blog

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关于作者
姓名:YGC
职业:stupid question
年龄:stupider question
位置:stupidest question
个性介绍:内向不稳定型
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通过biomaRt连接到ensembl检索snp数据

> library(biomaRt)

> snpmart <- useMart("snp", dataset="hsapiens_snp")

Checking attributes and filters ... ok

> attributes = c("refsnp_id", "allele","chrom_start", "chrom_strand")

> snp <- getBM(attributes = attributes, filters = c("chr_name", "chrom_start", "chrom_end"), values = list(8, 148350, 148612), mart = snpmart)

> snp

    refsnp_id allele chrom_start chrom_strand

1 rs1134195 G/T 148394     -1

2 rs4046274 C/A 148394     1

3 rs4046275 A/G 148411     1

4 rs13291 C/T 148462     1

5 rs1134192 G/A 148462     -1

6 rs4046276 C/T 148462     1

7 rs12019378 T/G 148471     1

8 rs1134191 C/T 148499     -1

9 rs4046277 G/A 148499     1

10 rs11136408 G/A 148525     1

11 rs1134190 C/T 148533     -1

12 rs4046278 G/A 148533     1

13 rs1134189 G/A 148535     -1

14 rs3965587 C/T 148535     1

15 rs1134187 G/A 148539     -1

16 rs1134186 T/C 148569     1

17 rs4378731 G/A 148601     1






发表于: 2007-10-23,修改于: 2007-11-08 16:04,已浏览346次,有评论0条 推荐 投诉


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